清水溝溪是濁水溪的小支流，村人稱它為清水溪，但是行政單位為了將它與濁水溪主要的支流清水溪區隔，稱它為清水溝溪。清水溝溪，在南投縣境的鳳凰山發源，一路順田底、鳳凰、秀峰、清水而下，最後在瑞田村注入濁水溪，數百年來，清水溝溪兩岸的村莊，為了每22年舉辦一次的建醮大典，封山禁溪，兩年不殺生靈，以示敬神，這是清水溝溪護溪觀念的開端。
1965年起，臺灣開始有計畫地進行大大小小的河川整治工程，近十年來，至少已經投下了一千三百多億的經費，以水土保持局治山防洪工程為例，過去三年，總工程經費計一百零五億，但是其中五分之一的經費，是用於工程維護及突發性災害治理。1984年，水利單位在短短十八公里的清水溝溪，陸續興建了近三千公尺的堤防護岸，一座攔砂壩，以及兩座固床工，清水溝溪的命運，漸漸改變了。輕微如清水溝溪，絕對不堪水溝化的河川整治方式。我們是否應用更謹慎的態度來聯繫河川與人的關係？
1990年，南投縣鹿谷鄉榮生會成立，是臺灣第一個民間河川保育團體，於清水溝溪進行保育工作十多年。榮生會過去一直守護清水溝溪免於毒魚、電魚的破壞，並藉由宣導性質的各種活動維護溪流的生態環境。毒魚、電魚的行為雖然少了很多，但是河川防洪整治工程的不斷進行，卻是清水溝溪河川棲地被破壞的一大危機，更是改變了人與河川親近的方式與機會。
鹿谷鄉榮生會總幹事陳炳煌認為，清水溝溪最大的問題是水利工程，破壞魚蝦棲地，政府變成溪流保育最大的敵人。特有生物保育中心研究員張世倉說明，水利工程將河的寬度壓縮，流水型態單純化，自然的深潭減少，造成生物也單純化了。
來自河底的細砂卵石，加上鋼筋水泥，是人們重塑河川面貌不變的手段，以為這樣可以得到安全的保障，可是流水日以繼夜地流向大海，穿透鋼筋水泥，終究會隨著大地的律動，回到原生的河。
輔大景觀系講師程孝民認為，水泥的不可回溯、保久性，破壞也是同等長久的。水利單位3200公里的堤岸工程計畫已完工90％，這些堤岸可以環繞臺灣島兩周。不久以後島上的大小河流都將像清水溪溝，一寸一寸變成清水溝。
