2004年8月，艾利颱風在桃園新竹山區，降下970公厘的超大豪雨，滾滾泥沙讓石門水庫一夕之間成了泥漿壩，桃園縣近百萬居民陷入半個月無水可用的惡夢，創下台灣停水最久、範圍最廣的紀錄。
2011年春季，石門水庫集水區降雨量創下歷年新低，水庫乾涸見底，蓄水量只剩五分之一，桃園與新北市再度面臨限水困境。原本隱藏在水下的岩石，紛紛浮現，混濁的水面上，只見漁民勉力航行。
水庫怕乾旱，也怕暴雨；雨越大，挾帶進入水庫的泥沙也越多。民國四十年代政府進行石門水庫規劃時，評估一年的淤積量是79萬立方公尺。但近十年來，石門水庫平均入庫泥砂量達到353萬立方公尺，是原先預估值的四倍以上，淤積量佔水庫容量的三分之一，也讓水庫壽命提前終結。官方預估石門水庫可以再撐24年， 20年後桃園與大台北地區，就要面臨水荒的絕境，而這還是比較樂觀的估計。
為了搶救石門水庫，水庫改造與清淤工作同時展開。水庫清淤分為陸上開挖和庫區浚渫，上游的泥沙屬於有價資材，每立方公尺可以賣100到120元，但進入水庫的淤泥不再是資產而是負債。抽砂船先用強力水柱將淤泥打碎，再用馬達將淤泥抽到管路中，送到3公里外的沉砂池沉澱。這些淤泥因為難以利用、無處可去，只好長期堆置在沉澱池裡。石門水庫13個沉澱池有4個已經淤滿，如果要委託廠商載走，每立方公尺的處理成本高達600元。
政府每年耗費大量的人力與經費清淤，但清淤量只佔入庫泥沙量的四分之一左右。混濁的水質大大影響自來水廠供水的品質。桃園縣大溪鎮居民林長茂，從今年開始收集自來水進行觀察，他發現處理過的自來水看似清澈，但是靜置數天之後就有沉積物沉澱。
為了解決水庫淤積問題，水利規劃試驗所特別建造了一座石門水庫百分之一的模型。研究人員將石門水庫的淤泥搬到實驗場地，模擬艾利颱風來襲時，洪水夾帶泥沙流入水庫的情形。他們發現，上游泥漿進入水庫時，並不是均勻地散布在水中，而是像水蛇一樣潛伏在清水的底部移動，他們把這個現象稱為「異重流」。
在過去，水庫洩洪時都是把最表層的清水排出去，將下層污濁的渾水留在水庫裡。了解異重流的特性之後，規劃者就可以著手進行水庫的改造。
水庫改造計畫的目的是蓄清排渾。除了將電廠原有的出水口擴大成專用排砂口，另一個重點是「繞庫排砂」，也就是在水庫上游興建排砂隧道，當洪水來時，高濃度的泥漿可以不經由水庫直接排入下游河道。藉由石門水庫的模擬試驗，研究人員可以知道在哪裡興建隧道，才能攔截到最多的異重流，達到最好的排砂效果。
繞庫排砂計畫規劃了兩條排砂隧道，一是從石門水庫上游阿姆坪附近開鑿一條四公里長的排砂隧道到石門水庫下游，另一條從大壩附近開鑿一公里左右的隧道將泥沙排到後池堰。實驗結果發現，洪水來時排砂隧道可以排除三成左右的泥沙，一方面避免水庫淤積問題惡化，一方面也可以減緩下游大漢溪河床侵蝕的現象。
繞庫排砂工程預計耗資80億，必須趕在泥沙尚未淤積到隧道口前動工。水利署希望藉由大型工程讓水庫起死回生。不過環保人士認為，工程只是讓水庫的病症不會繼續惡化，卻不能根本治療問題。
水庫淤積的根本原因在於集水區的過度開發。往石門水庫上游的桃118與桃119縣道前進，到處可見植被裸露的山坡地，不是整片的竹林被砍伐，就是原始林被砍掉改種生薑。艾莉颱風之後，政府通過250億特別預算用來搶救石門水庫，其中80億用在集水區的整治，但濫墾的老問題依舊無法解決。除了違法濫墾之外，集水區25%的崩塌都源自於道路，光是石門水庫集水區內的鄉道與縣道就有100多公里，更不論數不清的產業道路。
石門水庫只是台灣水庫淤積問題的縮影。全台灣96座水庫總淤積量達到24%，等於四分之一的水庫都成了土庫，其中主要水庫包括曾文水庫、南化水庫、霧社水庫等等，淤積量都超過三分之一，有的甚至是一半以上，有些水庫為了排淤只好採取最激進的做法。以阿公店水庫為例，每年六到九月防洪閘門全部打開不蓄水，讓混濁的溪水能迅速排出。但是其他大型的水庫平常的供水已經非常吃緊，根本沒有空庫排淤的條件，做好集水區的保育才是治本之道。
淤積情況比石門水庫更嚴重的曾文水庫、南化水庫，未來也將援引石門水庫的經驗，替水庫進行改造的大手術。但是水庫更新只能治標無法治本，如果繼續放任集水區過度開發，水庫永續的目標，將只是奢談。
