在農委會規劃中，中長程推動產業提升，加強競爭力，近程則對生產過剩、無法競爭的產業，輔導休耕或轉種綠肥。然而，稻農休耕種植綠肥，菜農卻成無辜受害者。休耕、轉種綠肥的政策，讓有心種植的農民深感不平，深深質疑這種政策的可行性，甚至成為相互欺騙的遊戲。縱使農民對休耕、轉種綠肥的政策有著各種意見，但是對於既定政策，地方農業單位也只能貫徹命令。
農地休耕所引起成的反彈，成為政府面臨的棘手問題之一。但是面對來勢洶洶的WTO，更大困難是在原有的農業結構下，如何進行農會改革，來抵抗海外的農業大軍？打破農會區域性格，建立產業聯盟，革除以往農會只重放款，不重推廣的習性，讓農會發揮應有功能，成為在這波因應方案中，政府推動的重點工作。
WTO時代來臨，讓農業不能只是田裡的耕種，品質的提升、市場的擴大市場都是重要的工作，如何找出台灣特有且具競爭力的作物，成為面對國外農產大軍時，台灣的秘密武器。其中，在台灣農業體系中，農業改良場長期扮演研發工作，將研究成果轉移民間，讓種植的作物產生市場效益。農委會也撥有專款，協助各地方推動農業休閒，透過一鄉一特產、一鄉一節慶的方式，將農業、休閒與文化結合起來。
台灣的農業問題，並非WTO來臨才發生，農業體系長久低迷，WTO時代的來臨，只是讓問題更嚴重。二年後，新回合談判即將展開，政府彷彿必須要在這二年內，解決二十年的農業問題。競爭年代的來臨，在政府保護傘去除後，彷彿只有具備新觀念的農民，才能在這新時代存活下來。
