淡水河是台灣第三大河，它就像一條血脈穿越了台北盆地，這條河餵養了六百多萬人，每天人們在捷運上、在環河快速道路上、在城市的某個角落，對它驚鴻一瞥。人與河的距離看似很近，但是卻又很疏離。
本片從淡水河三大支流的源頭開始紀錄，當天上的第一滴水落下，河流開始了漫長的旅行，一路上碰到許多與水相依的人，有了各式各樣的故事，最後河水帶著各種的污染匯流入海，很少人會記得淡水河來自遙遠的山上，在水源頭，它曾經那麼清澈。
每年的端午節是淡水河的大事，一項歷史悠久的傳統文化活動─龍舟競賽，正準備在台灣最現代的都會區展開。早期龍舟競賽代表著驅邪祈福的意義，而現在划龍舟不只成為國際性的運動比賽，也漸漸成為民眾的一種休閒活動。當各隊的龍舟選手正加緊練習，想要在比賽中奪標的同時，許多民眾也嘗試親身體驗這股「龍舟熱」。
每到周末，台北市三腳渡的河岸邊就熱鬧起來，這裡有個由老漁民成立的台灣獨一無二的龍舟俱樂部。三腳渡是台北市最後一個擺渡口，說起淡水河流域的歷史，就不能不提到三腳渡，更不能忽略這些老漁民，這條河有多好、有多糟，沒有人比這群老人家更清楚，他們對這條河的了解，不是用科學數據測量，而是用生命在體會。
在漁業全盛時期，三腳渡碼頭停靠了一兩百艘舢舨，漁民倚賴河流來養家活口。當淡水河污染之後，漸漸的捉不到魚、找不到蛤仔，漁民慢慢的離河而去。現在三腳渡只剩下十幾艘舢舨，這些老漁民只好靠著擺渡的技能，哪裡需要用船就往哪裡去。或許就是因為這些老漁民，代表著淡水河曾經擁有的味道，因此他們也變成文化活動中的常客。
到底淡水河以前的水究竟有多清呢？時光雖然不能倒流，但是我們可以回頭尋找水的源頭。淡水河貫穿台北盆地，主要河段只有短短的23.7公里，但是有三大支流：大漢溪、新店溪以及基隆河，是台灣第三長河、第三大水系。
基隆河
順著第一條支流─基隆河往上游走，會來到台北縣平溪鄉的山區─基隆河的源頭區域。被群山環繞的平溪，曾經是一個熱鬧的煤礦山城，在日據時代為了方便運輸煤礦，就沿著溪谷開闢鐵路，以前許多人來這裡討生活。最繁盛的時期，有八成的當地居民都是靠煤礦維生，人們在山脈裡挖礦、在河流邊洗礦、洗煤的汙水流入河中，染黑了河流。煤礦沒落之後，平溪成為北台灣的觀光地，遊客來到這裡享受片刻的寧靜以及歷史的記憶，時代在改變了、河水也在變。
大漢溪
來到淡水河流域，最長最遠的一條支流─大漢溪，發源於大霸尖山以及品田山之間。大霸尖山是泰雅族的聖山，泰雅的祖先曾經傳下訓示，水源區的樹木有生命，不可以隨意砍伐，因為森林與水是各種生物的命脈。泰雅族人對待森林水源的態度，讓我們看見人們對於大自然的應有尊重，畢竟河流孕育的不止是人類的生命 文化，還有無數的植物以及動物。
新店溪
每年三月是森林中許多動物的繁殖季，在淡水河的另一條支流─新店溪的上游正春意盎然。新店溪可以說是台北的水源之河，早在一百多年前，人們就在新店溪畔設置取水口，目前台北縣市四百多萬人的民生用水，全部都來自於新店溪，然而新店溪不只供水也供電，台灣第一座的水力發電廠也設立在新店溪，溪水點亮了台北城，讓台灣第一次有民生用電，也開啟了台灣河川被做為水力發電的歷史。
台灣有將近三分之一的人口是居住在淡水河流域，每天我們從她的上游擷取最乾淨的河水來使用，但使用過的廢水又全部倒還給她，而淡水河流域的兩岸，曾經一度被當成堆置垃圾的最佳去處，不論是合法的、非法的通通給了淡水河，如果不是親自來到河上，是很難看見河川所承受的傷痛。
二十幾年來，為了讓淡水河慢慢復活，政府陸續清運河川高灘地的垃圾場，雖然垃圾場已經快清運完了，但是人們製造的廢水，卻讓淡水河無法清澈。目前在淡水河流域沿線的縣市，台北市的衛生下水道接管率約六成，台北縣有三成、基隆市只有將近8%，桃園縣則還在突破0 的施工階段，估計每天仍有超過百萬噸的生活污水，沒有經過處理，繼續排入河裡，再加上沿岸的工廠和畜牧廢水長年的污染，導致淡水河底泥的戴奧辛含量，在台灣的河川中名列前茅，甚至河口的底泥，還含有多氯聯苯和殺蟲劑，而且每年總會不定時上演魚群暴斃事件。
不僅如此，原本在淡水河流域上游，已經興建石門水庫、翡翠水庫，以及五座大型的取水攔河堰，現在政府又打算在淡水河流域的兩大支流，分別再興建兩座水庫，其中一個原因是現有的水庫淤積嚴重，興建四十多年的石門水庫，目前有效蓄水量只剩下2/3左右，為了要整治這座病入膏肓的水庫，防止土石繼續崩落、流入水庫，上游的集水區開始變貌。
當人們用工程手段攔阻土石的同時，河川的生命力也被阻斷了，不過這場人與土石的角力戰，還是由老天爺來定奪。2007年9月，在韋帕颱風侵襲之下，38公尺高的巴陵壩，再也承受不了沉重的土石，就此崩毀。這是國內首座大型攔砂壩潰壩事件，曾經被巴陵壩攔阻的土石突破重圍，繼續往下搬移，一切又再度歸零。目前石門水庫上游的攔砂壩，幾乎已經全都淤滿了，人們想盡辦法想要改造山林河流，擷取水資源，但是大台北地區的用水，隨時還是可能發生問題，或許我們對待河流可以更溫柔一點，畢竟河毀了，水當然也沒了。
廢土、廢水接二連三的入侵，都市開發的腳步愈來愈近，河流能走的路也愈來愈少了，生物能棲息的空間也漸漸的不見了。數以萬計的魚苗在河口聚集，準備展開生命的旅程，現在牠們要面對的挑戰愈來愈多，因為人類文明的廢棄物與汙水 也順著河水，匯流入海。
因為這條河，台北這個城市誕生了，也因為這座城市，這條河開始邁入死亡。在河水的歷史中，我們只是其中的一小點，只是人們對於河流利用的價值觀，決定了她的命運。如今淡水河沉默地在大台北地區交錯縱橫，它承載都市的惡，依舊閃閃發光。
