根據水利署統計，南部地區的曾文水庫、南化水庫和甲仙攔河堰等水利設施，在八八水患後，總淤積量超過一千萬立方公尺，南部最大的曾文水庫，就減少六分之一蓄水量。
在南部地區，水資源的供應，大約70%供給農業用水，20%是民生用水，10%屬工業用水。面對水荒發生，政府在「確保民生用水、提供工業用水、調節農業用水」的優先順序下，南部地區的嘉義、台南、高雄、屏東，總計一萬七千多公頃的農地，第一期稻作全面休耕。
缺乏灌溉水源，農地的休耕，讓農業經濟停頓，農村文化斷絕，甚至引發台灣糧食安全的問題。但是另一種因為水荒產生的危機，卻是在台灣農村不斷蔓延…
如果以為政府停止灌溉，全面休耕之後，南部農地就是一片灰色大地，實際的景況，並非全部如此。在台灣南部，因為圳道的設計和長期面臨乾旱危機，農民早有一套因應之道，除了盼望春雨的看天田，許多農民設立深水井，抽取地下水灌溉農田。政府停灌農地，提供休耕補助，但是這些依賴地下水灌溉耕作的農民，心中卻有不同的計算模式。
對於農民，心中最氣憤就是遇上缺水，總是保護工業、犧牲農業。他們憤怒的說，當初建造水庫，農民都有出錢，為何現在變成工業優先？農業與工業用水的衝突，隨著缺水越來越嚴重。工業區不斷開發，提高工業用水的需求，總是被犧牲的農民，開始轉向抽取地下水灌溉來自救，讓鑿井數量大增，其中非法私設的問題，成為另一個水資源的危機。應用地下水，其實也是水資源開發的一種方式，但是失去區域管制與補填計畫，就可能造成地層下陷、水源污染，以及資源耗損等問題。
水荒的發生，民生、工業、農業的危機，成為社會關注的角力戰。但是因水荒引發的生態危機，卻像無聲的悲劇，靜默的在大地蔓延。
從冰箱裡拿出的塑膠袋，裡面放著一具具水雉的屍體，牠們成為水荒的生態受害者。農地缺水灌溉，許多農民放棄較費金錢與水源的插秧農法，改以稻種直接播撒田地的直播農法，為了防止疫病，稻種在播種之前必須先浸泡藥水，一旦灑入田間，鳥類誤食，即遭毒害。
這隻受傷的水雉，由官田水雉保護區緊急送來，在緊急救治之後，研判有中毒現象。在水雉保育園區研究人員的家中，另外二隻受傷的水雉，進行復健觀察，無辜的樣貌，成為水荒危機，危及生態的見證。俗名菱角鳥的水雉，在台灣屬於瀕臨滅絕的鳥種，在台南官田一帶經過復育，數量維持在二百隻左右，但是這次因為水荒發生的中毒事件，一下子傷亡了數十隻，對水雉族群形成重大傷害。
更讓人擔心的是，官田水雉保護區裡的保育濕地，完全依賴水圳補充水源，在水圳停止供水後，園區面臨乾旱危機，保護區將完全失去棲地功能。水荒的發生，讓大地一片乾渴，許多仰賴農田水圳補充水源的濕地、埤塘，生存其中的蛙類、鳥類和昆蟲，都在水荒時，成為生態浩劫的受難者。
水荒的危機，有著用水量加大的問題，也牽涉到水權分配的正義，解決問題的方式，除了節約用水，調度用水，根本的問題還是在於，水從何處來？
驚人的雨量，落在台灣土地，台灣不是一個無雨無水的國度，但是荒謬的是，自然給再多的水，台灣卻還是面臨水荒。台灣的水資源問題，不是無水，而是留不住水。水患過後的曾文水庫，國軍進入大埔地區河床清理淤砂，希望快點濬深河道，解決水荒危機。
水資源的取得，以建設水庫儲蓄水源為主，但是幾十年的暴雨氣候，為水庫增加的不是水源，而是減少蓄水量的淤砂，興建更多的水庫，一樣面臨淤積的問題。就以南化水庫為例，興建才十六年，淤積量已經接近三分之二，水庫形同無用。更驚人的事實，暴雨量加大，挾帶的漂流木與土石，一旦堵塞水壩洩洪出口，無法宣洩水壓的水庫，成為一顆巨大的洪水炸彈，威脅著平原上的城鎮與居民。
台灣山區易崩塌的地形，因為豪雨造成水庫淤積，長期依賴水壩蓄水的需求，面臨嚴苛挑戰。水庫變成砂庫，留不住水，一旦排砂治理，更有水質濁度提高的問題。管理水資源的水利署，必須正視水庫功能喪失的事實，思考多元水資源的開發方案。
長期以來，台灣水資源都依賴河流地面水的供應，再來就是建設水庫蓄水應用。但是面對水庫不斷淤塞，年年耗費鉅資疏浚，卻無法解決水荒危機，應該開始找尋不同的取水方式。當南部地區依賴水庫供水的渠道，面臨無水可用的窘境，在林邊溪上的二峰圳，卻是潺潺清水不斷流過，未曾匱乏中斷，吟唱曼妙的水圳之歌。
這條由日本水利工程師鳥居信平，建於西元1912年的水圳，取水方式是透過橫越林邊溪的地下集水廊道，讓藏於砂礫中的地下水，流進取水廊道再流入圳道。二峰圳的取水思維，改變地面取水的觀念，而以地下取水方式，將整個河床地層當成水庫，取用藏在礫石之間的水源，更重要是藏於地底的二峰圳集水廊道，有別於攔河堰與水壩，表現一種將河道還給河水的自然思維。
多年來，深入研究二峰圳的丁澈士教授，認為台灣許多地方是沖積扇平原，地底蘊藏大量的水源，形同一個巨大水庫，取用地下水，成為一個開創水資源的方式。但是取用地下水，一旦失去管制，將會有過度使用，以及水質污染的問題。所以開發地下水資源，必須有整體流域的管理概念，保持河流的潔淨，並且在河流沿岸，廣設埤塘、濕地，平日蓄水作為補充地下水的源頭，並在洪氾期發揮滯洪功能。
在南部水荒問題中，工業用水不斷增加，為人詬病，但是農業用水所佔的巨大比例，也必須思考改善之道。
在台南學甲地區，農民開始收割小麥，適合冬季種植的小麥，並沒有太大的需水量。小麥的生長期，大約在十月到隔年三月之間，剛好是台灣缺水的時刻，以改變農作物種的方式，節省水資源的消耗，並且也不必休耕，中斷農村的經濟與文化。
目前，台灣種植的小麥，全部都是契作，提供金門作為麥種，移地種植收成後，作為製酒原料。目前關心台灣農業發展的施明煌先生，已經嘗試將小麥推廣成為常態作物，建立台灣小麥的品質。
水資源的問題，已經成為世界各國關心的課題，在高雄縣舉辦的一場國際水岸城市會議中，各國代表提出寶貴經驗，國內學者于嘉順也以比利時為例，讓大家思考洪水，究竟是朋友還是敵人。
傳統的河道治理觀念，以修築高堤，快速排洪為核心，但是面對難以預測的雨量，一樣有洪水肆虐的歐洲國家，開始思考還地於河的觀念。更重要是在還地於河的策略上，其實也利用土地，降低洪水災害，同時也留下一部分洪水，轉化成為水資源。
城市離不開水，在極端氣候來臨之時，人類不該是恐懼逃避，或癡望的想以工程馴服洪水，而是該仔細研究，細膩思考，找出一條自然的治水之道，將洪水轉為珍貴的水資源。
台灣不是一個無水國家，從水患到水荒，暴露的是水資源管理利用的缺失，以及水庫政策的潰敗，讓一個天降大雨之國，竟然也會無水可用。
從取水、蓄水到用水，許多傳統思維必須轉變，減少工業開發，調整季節作物，城市節水設計等方式，順應自然進行調配，才不會變成「大水逃難、無水渴求」的荒謬國度。
