2025年1月23日上午，環境部舉行「海草復育」與「紅樹林復育」溫室氣體減量方法草案第 2 次專案小組審查。這是一場公開會議，現場有委員在議程進行到第一位民眾發言之後，提出拒絕媒體錄影與拍照。經主席裁示，接續的會議，媒體只能旁聽，無法拍攝，若引述與會者的發言須取得發言者的同意。
期待能增加自然碳匯，政府將海草與紅樹林視為具有潛力的藍碳，農業部與海保署委託中興大學生命科學系終身特聘教授林幸助團隊規劃方法學。依據公開的簡報，「海草復育」與「紅樹林復育」溫室氣體減量方法學草案皆參考IPCC方法學，海草以國際碳標準VCS VM0033與臺灣標準作業程序修改，紅樹林以聯合國氣候變遷綱要公約(UNFCCC) 大規模CDM專案方法學 (CDMAR-AM0014)與臺灣紅樹林碳匯標準作業程序修改。
透過復育海草與紅樹林的專案活動，在專案邊界內增加碳儲量。專案面積皆應大於0.1公頃，將復育的地上部生物量、地下部生物量與沈積物有機碳計入碳庫。專案復育的海草與紅樹林面積皆不得超過專案邊界，若超過就必須進行管理移除。具體措施包含栽植、補植與換種、撫育、經營管理方式、監測技術。
爭議較大的紅樹林，有多位生態學者與NGO代表到現場登記發言。
長期研究蟹類的中興大學生命科學系施習德教授提出，以紅樹林固碳是錯誤政策，他表示因為台灣大多數的紅樹林都不是原生的，而且紅樹林會排放大量溫室氣體，幾乎完全抵消紅樹林的藍碳功能。新竹香山濕地過去因人為栽種紅樹林，衝擊特有種台灣旱招潮蟹的生存，2005年數量不到5000隻，在新竹市政府清除紅樹林之後，2022年數量恢復到41萬隻，他認為不能為了碳匯犧牲台灣海岸的生物多樣性與生態功能。
長期研究候鳥大杓鷸的蔡嘉陽則提出，紅樹林在原有的地方確實有它的生態功能，但彰化海岸因為人為栽種，目前有40公頃的紅樹林，不但造成內陸排水問題，而且改變當地的環境特性，原本生存在泥灘地的萬歲大眼蟹等物種被替代成能適應紅樹林的蟹種，加上海茄冬呼吸根密集，候鳥無法走進去覓食，保育類的大杓鷸從3000隻銳減到200隻也是受到紅樹林跟人類干擾而產生的變化，種植紅樹林已影響到水鳥生態。臺灣各地海岸的環境條件不同，不能用單一的方法或模式來套用跟規範，他認為目前的方法學草案不可行。
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東海大學終身特聘教授林惠真在現場發言提及，目前海草與紅樹林的方法學只是碳匯監測計算方法學，沒說明如何種、在哪裡種，還有很多爭議，呼籲重視濕地保育法第五條「優先保護自然溼地」，自然碳匯不是救命稻草。
蠻野心足生態協會理事長陳憲政律師表示，在方法學草案中專案活動的適用條件僅寫「適用於適合紅樹林生長之濕地」，在法律上不明確，若只要符合這樣的定義就能種植紅樹林，忽略當地的生態保育價值、當地居民的生存權利，這不是藍碳，是血碳。
蠻野心足生態協會專員洪碩辰強調，海草與紅樹林的碳匯潛力過度誇大，合計只有台灣整體碳排的萬分之三，從源頭減碳才是真正負責的做法。
荒野保護協會秘書長謝振東肯定農業部和海委會主動積極投入，但是也需要謹慎宣導，過去環團看到民眾習慣跟風栽種一些非台灣原生種植物，若以紅樹林作為自然碳匯，未來會不會造成各地栽種紅樹林的亂象?
荒野保護協會專員陸淑琴則質疑，要透過紅樹林植林換取碳匯，現在提出的方法學如何從理論到實作？是否有足夠的能力及預算做好人工植林後的控管？植林的碳匯量是否值得冒險用這些棲地去換取?
有委員認同台灣需要建立海洋碳匯的方法學，自然碳匯是國際趨勢，國際上已有科學實證，也有多位委員認為此版方法學草案中，關於適用場域、適用條件、成本、法規外加性、監測機制、總體效益等面向尚不夠明確且有生態疑慮，最後決議補件再審。
