國光石化在經過600多天的環評爭議後，總統馬英九在2010年4月22日，宣布不支持國光石化在彰化設廠。經過一年，台塑集團指控中興大學環工系教授莊秉潔，在國光石化過程中，提出六輕造成罹癌人數增加的研究，毀損公司名譽，向莊秉潔提起民事、刑事告訴。求償4000萬元，並且要求在4個平面媒體，登刊回復名譽廣告，隨後學界發起連署聲援，抗議台塑箝制學術言論自由。
表面上看來，這是一起「某企業告學者」的事件，但仔細分析，告人的一方是台灣數一數二的大企業，也是工安事故頻傳、排放汙染對環境、民眾健康有疑慮的工廠。而被告的一方，是針對這些疑慮提出研究報告，提醒政府督促企業做出改善，特別是這名被告做這些的本意，是基於對環境、民眾健康的關懷。因此這起告訴討論的重點，不應只是「台塑對上莊秉潔」，而是後續對於「學術自由」、「公民參與」的影響。簡單講就是，如果一個公民隨時擔心可能被告，而且這個被告不論財力、權勢，都是你望塵莫及的話，未來多少會影響公民站出來參與公共事務的意願。果真如此，那對台灣的民主，絕對是一個負面影響。話說回來，任何科技的發展、汙染防範都有賴學者研究，因此企業、政府、學術、公民如何建立友善的對話空間，是今日這起事件，全民應該反思的重點。
六輕為何而告
台塑委任律師吳雨學表示，台塑提告主要的原因是，莊秉潔在很多場合(主要是2010年到2011年在國光石化相關的環評會、聽證會、民間反國光場合)多次不斷強調「六輕建廠跟台灣癌症死亡人數增加有關聯」。台塑集團認為，癌症發生與遺傳、生活、飲食習慣都有關，以六輕建廠為分隔點，是刻意誤導六輕建廠與癌症增加有關。而莊的這些發言沒有事實根據（主要是採證環保署新聞稿，指莊所用的研究方法並非標準方法、所用以模擬的資料，並非環保署所提供）。而這些言論對台塑的形象已造成「一定的影響跟損害」，違反民法第184條、第195條的侵權行為。另外依刑法310條提起「非財產損害賠償」，並要求回復名譽之適當處分(登報)。
關於台塑的指控，莊秉潔委任律師詹順貴提出反駁。他認為，台塑所謂的「侵權行為」具體內容並不明確。構成侵權行為必須的要件包括：要基於故意或過失 、具有不法性，也就是明知這是錯誤的，還「故意基於要去毀謗妨礙台塑名譽」去發表一個錯誤的內容。另外就是要造成對方「名譽上的損害」。詹順貴強調，只要看過莊所發表的學術研究報告，就可看出莊秉潔所做的報告都有事實根據，所用的研究模式也是經過環保署認可的模式。在這種情況下所做出的學術研究屬於「學術討論範疇」，無論如何都不會構成是「基於故意或過失，故意要去侵害台塑名譽的侵權行為存在」。至於台塑公司提到的「名譽損失」，詹順貴反問：「從過去一連串的工安事故來看，台塑的名譽不好，已是舉國皆知」，根本不是因為莊的這些研究對他名譽有任何影響，要恢復名譽不是去告別人，而是做好工安管理。
六輕工安已是「公共議題」
1986年，政府核准台塑興建第六座輕油裂解廠，原先預訂定地在宜蘭利澤，因地方反對再轉到桃園觀音，再遭抗議最後落腳雲林麥寮，石化王國與環境的糾纏自此難分難解。這個糾纏包括水資源、排放汙染造成居民的健康疑慮。而六輕建廠10多年來，也不時爆發違規事件。中部是台灣缺水地區，為了滿足六輕用水，政府出資300億元興建集集攔河堰專管給六輕送水。但即使如此，2007年環保署卻查獲六輕違法超用水，但最後六輕的違法並未受到應有的處罰，反而政府事後還將六輕用水從每天25萬噸調高到34萬噸，這起事件留下的爭議，至今尚未平息。
其他林林總總的違法事件也時有所聞，例如2007年環保署再查獲麥寮電廠廢水未依規定處理，就直接與冷卻水混合稀釋排放。設備元件揮發性有機物也不時傳出超過管制標準。這些對環境、居民的健康風險是什麼，資訊卻很少，官方的研究及監測項目也不夠，導致危害的相關性，一直撲朔迷離。2010年7月起，六輕接二連三的大火，則是將六輕工安事故問題推上最高點。台塑高層為此道歉，撤換主管，監察院也要求六輕應該總體檢，附近居民對六輕的不滿，也全面爆發。大火後，2010年7月在立法院的一場公聽會上，台大職業醫學與公共衛生研究所教授詹長權就提到，「我們就是能力不足，沒有投注足夠的管理措施來管這隻怪獸」。
因此，中研院法律研究所研究員、台大法律系教授李建良認為，從六輕過去發生的工安事故看來，已經對附近居民健康風險和財產損失造成威脅，因此六輕在台灣整個工安事件中，已經是具有某種代表性的個案，大家都很關心，因此這是一個「公共議題」，任何正常的公民都會想表達關心，更何況如果在這個領域具有一定專業，都很希望透過自己的專業，對這個公共議題表達看法。
而且台塑指控莊秉潔的許多發言場合，包括環評會、專家會議、接受雲林縣政府委託、或是接受媒體採訪的發言。也就是說，這些都是「被動受邀的場合」。所以站在這個角度來看，李建良認為：「我們不會把這個問題看成是某一個人，想要去來影響某一個公司的名譽問題」…
國光石化之眾聲喧嘩
而台塑的起訴狀中，舉證莊秉潔發言的場合，不論公、私，多數是在國光石化討論的場合。由於國光廠區預定地鄰近六輕，兩個石化廠未來排放的汙染總量，對環境、居民健康可能的威脅讓各界憂心，許多學者於是站出來提出警訊。因此在討論國光石化興建可能的各項衝擊，拿六輕當對照組，在當時相當普遍。連前國光石化董事長陳寶郎都多次在環評會抗議：「台塑不是六輕」，請大家不要拿六輕的汙染或環境衝擊，套在國光石化身上。
因此要說莊秉潔的發言有什麼針對性，也應該是國光石化。2012年5月3日台北地方法院首度審理時，法官鄭昱仁就問台塑委任律師吳雨學：「人家是針對國光石化，你自己跳出來告人家也很奇怪。」總之，當時國光石化議題的討論可說是遍地開花，學界、藝文界、學生、環保團體等，都站出來表達不同的看法。眾聲喧嘩只為台灣未來，那是台灣公民社會一次美好的辯論，直到如今許多人都深深懷念那個辯論的氛圍。
莊秉潔研究 促成PM2.5立法
2010年8月3日，學界發起反國光石化記者會，前中研院院長李遠哲表示，如果將興建國光石化的錢拿來發展再生能源，對國家是一個比較好的選項。中研院院士陳建仁說，在六輕的環境和健康影響還未完整了解前，不應繼續興建國光石化。中興大學應用經濟系教授陳吉仲指出，興建國光石化的總成本大於總效益，所以反對興建國光石化。李建良表示，有非常多的民間團體、學者、專家，針對這個公共議題提出看法，並不只是莊秉潔而已，為什麼獨獨針對他的研究報告的其中部分，更何況他的發言很多都是官方委託或被動接受訪問。莊秉潔主要提出的報告是「國光石化營運造成PM2.5與健康及能見度影響」，比較國光石化、六輕營運因空汙引起的癌症死亡人數。
事實上環保署過去關於PM2.5的管制相當少，由於莊秉潔淺顯易懂的比喻才讓大家立刻了解PM2.5危害並感同身受。隨後彰化醫界聯盟提出明確訴求，總統馬英九在2011年2月反國光餐會中當眾承諾管制PM2.5。環保署於是加快腳步，同時針對特定行業加嚴管制減少排放，預計今年七月公告實施。而這就是學術引導政策推動一個最典型的例子。前環保署長陳重信日前在一場PM2.5公聽會中就說，沒想到可以把PM2.5這個生冷的科學名詞變成社會運動。回想起來，促成PM2.5立法的源頭就是學術。
各界聲援
針對莊秉潔在國光石化各種討論場合的發言，台塑在當時並未反駁，卻在2012年3月向莊秉潔提告求償4000萬元並要求登報道歉。此時正是六輕擴廠環評階段，提告時間、對象都讓外界留下許多想像空間。而學者本於關心公共事務以及民眾健康，提出個人研究卻因此被告，引發學術自由論戰。一般認為，此例一開，未來將嚇阻公民願意站出來為公共事務發聲。因此學界、民間團體聲援莊秉潔的聲浪一波接一波。2012年5月3日台北地方法院開庭審理前，環保團體舉行記者會聲援莊秉潔，強調汙染者應負舉證責任，並證明營運以來未造成鄰近居民健康與罹癌風險上升，否則就應撤告。
台北大學不動產與城鄉環境學系副教授廖本全說，莊秉潔珍惜自己的專業的社會價值，揭露企業為了追求利益極大化，把自己的成本外部化，並進一步對環境對健康造成可能的衝擊。「他把所有問題告知環評委員、台灣社會，各位這是做為一個台灣學者他應該做、必然要做的事情，請問他有什麼錯嗎？」彰化環保聯盟副理事長蔡嘉陽強力譴責台塑用「訴訟恫嚇」方式來箝制學術自由跟言論自由。他表示，學術研究一切都是可受公評，環保署召開的專家會議無法釐清真相，竟然要透過法院訴訟達到寒蟬效應，讓大家以後都不敢再發表對台塑不利的證據了，「那以後專家會議到法院開就好了」。
2012年4月29日學界連署聲援，反對台塑箝制學術自由。中研院院士周昌弘表示，這一個本來是一個學術討論的問題，現衍生變成台塑拿這個數據來控告莊秉潔，「我覺得這是非常不妥的一件事情。」周昌弘強調，如果學者如不秉持學術良知將問題揭露出來，百姓被蒙在鼓裏造成全民健康問題，誰負責？中原大學財經法律學系助理教授徐偉群認為，法院不是用來證明學術真理的殿堂，而是用來保障人民權利的地方。這事件很明確是公共性言論、學術上的表達。對一個民主國家而言，公共性、學術性言論是受到保護的。當天中興大學主秘陳吉仲代表校方發表五點聲明，強調不但不會屈服於財團壓力，反而會堅持學術社會責任，繼續鼓勵教師，針對改善中部地區環境及生態提出研究成果。他強調：「針對莊教授被台塑提起民事及刑事訴一事，學校會全力維護莊老師的權益。」
學術自由的界限在哪裡？
針對學界「守護學術自由」的呼籲，台塑委任律師吳雨學強調，台塑公司向來尊重學術自由以及研究成果，但不能以提出沒有根據的資料來做為侵害台塑公司名譽權的依據。而「學術自由」的界限在哪裡，李建良的看法是，台塑這次主要指控有三點：推估方法是莊自創、這個方法未經證實、其他學者不認同。他認為：「這三點剛好就是學術」。學術本來就是要提出一些方法，也未必在提出時就要證實，反而是這整個證實的過程剛好就是學術最可貴的地方。
至於同儕之間或政府部門不認同，李建良認為，這是學術論辯一個正常現象，如果大家都認同、且結論一致、或已經毫無疑問，其實就是學術的終點。一位學者在發展某一種方法或想法時，都是在假設、推估且不確定的狀態，學術是一個往未來流動的方向，所以莊秉潔的研究使用推估、預測、建議，李建良認為，這種態度剛好是學術的基本態度。
政府應要求企業公開資訊
企業面對學者做出自己不認同的報告，以其財力資源，更有能力聘請學者研究去澄清自己是否造成汙染，但台塑卻選擇提告手段，李建良認為，這也窄化了學術討論的空間。
另一方面，六輕歷次工安事故已造成民眾恐慌，政府也應該要求企業完整公開排放物質、建立個別工廠排放清冊，也有責任提供相關資去釐清真相。但很遺憾至今政府在這方面做的不多。而一個已造成環境、民眾健康風險的工安事件，企業還能以「商業機密」拒絕提供物質清單，政府竟然也可以接受。而只要參加過台塑相關工安事故檢討、風險評估會議的學者都知道，台塑甚至在這種專家的討論場合都不願意提供研究報告，對民眾更是沒有完整的交代。雲林縣淺海養殖協會理事長林進郎說，工安事故後台塑都沒有向居民公開說明，到底那裏出狀況、處理過程是否有法律依據，「從來沒有」。
大城鄉民許立儀的家就在離六輕北岸不到四公里的地方，台塑集團指莊秉潔的報告造成民眾恐慌。她強調：「這10幾年來不是莊老師的數據讓我們恐慌，是夏天南風吹了4個月刺鼻的臭味讓我們恐慌。這幾年來是因為我們周遭這麼多人肝癌、肺腺癌，這些癌症的親朋好友們讓我們恐慌。」而讓她感到恐慌的是，汙染從何而來、對居民有何影響？政府、企業從未有誰把原因、如何防範告訴他們，莊秉潔的報告才終於讓他們明白究竟出了什麼事。
學術自由的決戰點
「我只是基於我的專業做一些建議，怎麼會有人告我毀謗要我賠4000萬，真的是不能接受」。面對這起天外飛來無端的官司，莊秉潔感到很無奈。他說，是以可以拿到的最好的科學資料來解析並做出建議，如果連這樣都不允許學界做，還要說他捏造的話，「那對我個人是非常大的傷害」。「我拿那麼多國家資源在中興大學教了20年的書，讓我專心做研究沒什麼外務，我受到國家照顧，應該把研究所看到的結果讓人民、政府能知道。」這起企業告學者事件，已對學術界造成寒蟬效用。後續影響也不只是「台塑對上莊秉潔」而已，而是整個學術自由的決戰點。
另外對於這種可能造成民眾健康風險疑慮的事件，不論是企業或政府更應該鼓勵學者研究，讓學術為民眾風險把關。而學術自由開放與否也將成為檢視台灣民主社會的一項指標。
