政府的決策，引發農民強烈反彈，他們抗議政府沒有和農民協調，便擅自停水。農委會雖然在第一時間提出休耕補償方案，在停水的半年間，提供每公頃八萬五的休耕補助，但這樣的補助對農民來說，看得到卻領不到。
目前政府的休耕補助主要撥給地主，但許多農民是農地承租戶。雖然農委會承諾，有契約證明，農民可以要求地主將補助款轉移，不過農民大都不敢向地主討這筆錢。
「地主有簽約的，要把錢給農民，沒有簽約的，他實領八萬五，下次誰還敢跟你簽約。」新竹農民劉政雨說出多數農民的困境。而在農村有更多農民，並沒有簽約，有的是基於對彼此的互信，也有地主是過去經歷「三七五減租」與「耕者有其田」政策，怕跟農民簽約，地會拿不回來。
這一波休耕，也讓整個農業產業鏈受到波及，像是種子肥料行、農機具行、代耕業者，也跟著農民一起放起無薪假。
當各方為了補助款爭論不休，就算政府能提出一套完善的補償方案，是不是代表未來缺水，就可以優先停灌農業？
苗栗農民洪箱跟其他農民一早七點就在蘿蔔田裡採收，預計今天要送出5000斤的有機蘿蔔。蘿蔔將送往長期合作的通路主婦聯盟消費合作社，做成蘿蔔糕。這些田在苗栗停灌區內，下一期要大量減少有機地瓜、西瓜的栽種面積。
蘿蔔離開土壤、去葉裝袋、過秤、上車，一夥人在田裡形成了生產線，這小小的生產線卻也維繫了七八個農民的生活。下一期，一甲地的作物收成，平均可賣到三四十萬，跟農委會補償的八萬五，相差甚大，只靠這筆錢並沒有辦法生活。
近年來政府鼓勵農民自產自銷，自創品牌提高農業價值，但通路與品牌的建立並非一朝一夕，中斷了農民的生產，來年得重新來過，客人早已流失。為了能持續供貨，也讓其他農民有工作，洪箱決定要到停灌區外去找地，繼續種植有機農作。不過，從土質培育到尋找無污染水源，一切都要從零開始。
「我覺得休耕之後不是只有農民受害，是全國的人都受害，以後糧食不夠，你一定要進口。」農民挺身而出，不僅是捍衛自身耕作權益，更是捍衛台灣的糧食安全。「我們把這幾年層出不窮的食品安全問題，變成糧食安全問題。」主婦聯盟生活消費合作社理事黃淑德，道出了主婦們的擔憂。
大旱當前，缺水不只是農民的事，未來我們還要靠農業停灌，度過每一次的缺水難關嗎？
