時間如果倒流五十年，台灣西部的河川大概和現在的秀姑巒溪一樣，乾淨、原始 自然、有活力、和人親近。秀姑巒溪流過歐亞大陸和菲律賓海兩個大板塊，刻鑿貫穿中央和海岸兩座山脈，沿岸沒有工業汙染，流域的人口不算多，生機勃勃。秀姑巒溪的出海口，被奚卜蘭島一分為二，隨著季節不同，太平洋的長浪捲動砂石，交替封閉南北兩個出口，形成地理學上沒口河的景致。
提到秀姑巒溪，幾乎立即聯想到的印象就是泛舟，從瑞穗大橋到長虹橋之間廿多公里的水路，有直峭的山壁、湍急的激流，沿途景觀多變。從民國71年開始發展泛舟活動，現在每年有超過十萬人次的遊客來訪，是台灣泛舟最興盛的地方。新興的水上活動，似乎衝擊著河岸阿美族原住民的傳統生活，不過也並非全然如此。帶領泛舟隊伍的救生員，約有半數是沿岸鄉鎮的阿美族原住民，不論是撈蝦捕魚，還是開著橡皮艇，雖然生活樣貌持續在改變，不過秀姑巒溪卻仍然是生活最重要的依靠。
大約在將近三萬年以前，現今的秀姑巒溪還不存在，當時的花東縱谷只有一條很長的古花蓮溪，而在海岸山脈東側只有一條小溪流，地理學上稱為奇美溪。花東縱谷位於兩大板塊撞擊的縫合帶，在板塊運動中，海岸山脈被持續抬升，使得奇美溪流速變快，發生向河川源頭侵蝕的現象，最後奇美溪在瑞穗附近切穿海岸山脈，和古花蓮溪相連，產生非常奇特的九十度搶水灣。
被襲奪的古花蓮溪，河水變少開始淤積墊高，使得原本向東北流的富源溪，慢慢被地形導引往低處流動，最後終於轉向，往南改變河道，形成現在秀姑巒溪的面貌。河川襲奪催生了秀姑巒溪，成為台灣唯一一條發源自中央山，卻轉向東方，切穿海岸山脈，注入太平洋的河川。
河川越往下游走，通常河道會越來越寬，水流越來越緩，因為向源侵蝕的作用，秀姑巒溪的下游狹窄，迂迴在峭壁之中，進入中游，源自中央和海岸山脈兩側的支流，沖積出低矮平坦的花東縱谷平原，河道反而變寬，河水四處漫延，像是一條麻花辮子，坑溝支流分分合合。每一塊小小的溼地都蘊含豐富的生命力，廣大的縱谷平原，也營造出秀麗的田園風光，這是秀姑巒溪養活最多人口的地方。
稻米是秀姑巒溪中游最主要的農作物，從瑞穗往南到富里四個鄉鎮，稻米面積有五千五百多公頃，大約佔整個花蓮縣的一半，綠油油的稻田一望無際，是台灣良質米最重要的米倉。但由於秀姑巒溪的棲地有明顯的變化，冬季在河床棲息、渡冬的候鳥、雁鴨，遷移到兩岸的稻田覓食作亂，不僅造成農民困擾，農田甚至嚴重到有五成的損害。
稻農和雁鴨之間的戰爭，是秀姑巒溪生態遭到破壞的警訊。政府為了開發河川地，從民國五十一(1962)年開始在秀姑巒溪沿岸大量興建堤防；民國六十八(1979)年治山防洪工作更全面展開，河岸工程遍及秀姑巒溪上下游和主要支流，秀姑巒溪流域現在已經蓋了超過兩百公里的堤防護岸，受保護的土地超過3,600公頃。
新生農地增加，就需要更多的水來灌溉，但是秀姑巒溪的乾溼季節，降雨量落差很大，豐水期流量是枯水期的三倍，每年十二月到隔年四月常有乾旱發生，為了取走更多的水，就得改變河道，將溪水往灌溉取水口導流集中，使得原本生態豐富的溼地逐漸沙漠化。
乾涸的河床又變成河川新生地，即使是堤防外的行水區沙礫地也被拿來利用，目前在秀姑巒溪，有三百二十公頃的河川地被放租種植西瓜，形成河川汙染和行水安全的隱憂。遍佈河床的砂石也是寶貝，民國八十一年(1992)東砂北運啟動，每年在秀姑巒溪流域，合法的疏濬工程，要取走約五十萬到一百萬立方公尺的砂石，如果加上超限開挖和盜採，被挖走的砂石量估計要增加一倍以上。水利署發現近年來秀姑巒溪不僅沒有嚴重的土石淤積，中下游土石補充量已經不足，正在逐年刷深，水流越來越湍急，緩流、溼地的地形慢慢消失，溪流植物、魚類及底棲生物也跟著不見。
而水質惡化也正在悄悄改變秀姑巒溪的生態面貌，農地一再擴張，化學肥料和農藥的使用量越來越多，加上超過三萬頭豬，和二十四萬多隻的鴨群，產生的畜牧廢水，以及龐大的家庭汙水量。在花蓮縣的公共汙水下水道接管率是零，沒有經過任何淨化處理之下，這些廢汙水都沿著溝渠直接排進秀姑巒溪，以往一直保持低度或無汙染紀錄的水質，近幾年被環保署驗出在中下游河段有中度汙染的紀錄，秀姑巒溪水質惡化的程度，已經影響下游居民的生活。
人類不僅影響秀姑巒溪的水質，開發的腳步也已經深入秀姑巒溪上游，海拔一千五百公尺的清水農場，地勢偏遠，民國九十四年政府放租給民眾耕作，如今卻被超限開墾了七百多公頃，原始森林變成一片黃土。而倍受爭議的水力發電廠開發案，也一個接一個瞄準秀姑巒溪的主要支流，世豐電廠的工地廠房和機具，早已經進駐豐坪溪，台電公司今年也計畫在拉庫拉庫溪鹿鳴橋上方，設置水力發電廠，未來淹沒河谷的水域面積有五公頃，距離玉山國家公園將只有區區幾百公尺。
秀姑巒溪在台灣最古老的岩層上，刻畫出最雄偉的山勢，但未來的水文和棲地環境改變，將阻斷魚、蝦、螃蟹眾多迴游生物繁衍的生機，東部要和西部一樣均衝發展的意思，是像淡水河集體缺氧死亡的魚群？還是大甲溪被土石掩蓋的電廠？或者是遭到颱風摧毀，被放租或佔墾的高屏溪河床？這將會是秀姑巒溪未來的模樣嗎？
