抗議、衝突，中科四期的環評為什麼擺不平？中科四期二林園區的廢水，計畫排到舊濁水溪，彰化的漁民和蚵農為此上街頭…
抗議聲浪越來越大，環保署決定暫停環評審查，召開「放流水之影響及因應」的專家會議，與會專家都有疑慮，於是就有學者建議海洋放流。
在第三場的專家會議中，中科管理局提出廢水改排濁水溪，於是，環保署結束了專家會議，排除原先的舊濁水溪方案，把濁水溪和海洋放流管兩個方案，送交環評專案小組繼續審查。
廢水可能排放到濁水溪，換雲林民眾抗議。這時又正逢雲林縣立委補選的敏感時刻，各個候選人都反對廢水排放到濁水溪。9月8日，各大報的地方版，都以斗大的篇幅，報導中科管理局局長和國民黨的民意代表，以及立委候選人，在雲林縣議會召開記者會，表示廢水不會排到濁水溪。
這下子，換成彰化漁民到中科管理局討公道，最後，中科管理局決定把濁水溪和舊濁水溪兩個方案同時送審。彰化、雲林兩縣的民眾有了共識，要求環保署駁回中科四期的開發案。
環保署會議室內，環評委員在做最後的討論，這時候，立法院正進行總質詢，行政院長吳敦義面對立委質詢中科廢水，做了回應。幾個小時後，專案小組決議，有條件通過結論，卻剛好呼應了行政院長的說法。到底有沒有受到政治干預，環評委員和環保署否認，不過環保團體是砲聲隆隆。
10月21日媒體大篇幅報導，行政院長吳敦義接見雲林縣長蘇治芬，討論中科四期廢水排放的問題，吳敦義表示，廢水將引到國光石化運用，如果國光石化用不到，規劃改排外海三公里以外。中科管理局對於廢水排放路線，也依照行政院的版本。
行政院拍板定案，中科四期的廢水採用海洋放流，再度成為立法委員質詢的焦點，沒幾天，環保署預算審查時，就有立委提案，要刪除環保署有關環境影響評估相關的預算。
但不管是海洋放流，或是排到河口潮間帶低潮線以下，都不是中科管理局原本提出的方案，環評大會如果通過，就是違法。
抗議的場景再度上演，因為環評大會將決定中科四期否能開發。最後環評大會有條件通過，但卻有令人意外的戲劇性轉折，廢水排放路線，竟然又回到原點。
環評大會通過的方案，就是中科管理局所提的，濁水溪自強大橋以下或是舊濁水溪三和制水閘以下，如果要排放到河口潮間帶的低潮線以下或是做海洋放流必須提出變更申請。而行政院政策指示的海洋放流，則列在環評大會結論的附帶建議，中科管理局承諾一定會做，到底什麼時候做，還無從得知。
政治介入環評的爭議始終存在，環評機制如果淪為行政單位掌控的遊戲，那是不是悲哀，台灣要走向一個法治的國家，一個公共政策可以理性討論的社會，似乎還有一條漫長的路要走…
