中部科學園區第三期開發計畫的第一次環評結論，在民國95年審議通過，但被行政法院撤銷，民國99年第二次通過的環評結論，仍在訴訟中，環保署後來卻突然自行廢止了99年的環評，還說服科技部接受二階環評檢驗，為什麼會有這麼大的轉折？
環保署綜計處的說法是，基於尊重最高行政法院102年判字120號判決意旨，所以廢止了99年的審查結論，另外基於信賴保護原則，另訂失效日期，經提環評委員會討論後，決議中科三期開發案，應該進行第二階段環境影響評估。
中科管理局副局長陳銘煌則表示，因為考量最高行政法院的見解，最後環保署做成決議應該進入二階，中科管理局當然要配合辦理，也希望透過二階環評，和當地居民和環保團體，充分溝通。
律師蔡雅瀅在會中直言，最高行政法院已經具體指出，99年的環評有非常多違法之處，台北高等行政法院的法官，也在開庭時公開心證，強調一定會撤銷原本的環評結論，此時環保署知道官司即將敗訴，99年環評的合法性有很大爭議，才做出廢止99年環評的處分。蔡律師認為，這是環保署刻意的脫法行為，然後把環評委員捲入法律上非常有爭議的程序裡，所以搶在現在開二階環評，非常不合理。
中科三期開發計畫位在台中市后里區，涵蓋台糖后里農場和七星農場兩塊基地，總面積246.27公頃，以引進光電、半導體及精密機械產業為主。民國95年行政院核定中科三期開發案時，即遭到后里居民嚴正反對。
后里是台灣高級花卉出口歐洲和日本，最重要的產地，也是國內水稻和根莖作物主要產區之一。農民擔心，科學園區不僅搶了農業灌溉用水，所排放的廢水成分不明，難以掌握，還會污染農地。台北大學不動產與城鄉環境學系副教授廖本全指出，台灣中部區域計畫把后里規劃為優質生活圈，如果中科三期落腳后里，將完全違背國土計畫。
中科三期環評期間，曾發生行政院多次對外指稱「環評是經濟絆腳石」，九位學者專家身分的環評委員更發表共同聲明，指責行政院已經傷害環評會的獨立性。還曾發生當時的行政院副院長蔡英文，打電話給環評委員表示關切，和要求環保署當年4月通過中科三期環評，好讓廠商5月進駐的疑雲，環評之初，就充滿濃濃政治味。
台中市后里區長期以來受到豐興鋼鐵、正隆紙廠和垃圾焚化廠三大污染源的影響，居民全癌發生率，排在全國鄉鎮的前10％，居民血液中戴奧辛濃度抽樣檢查，高達22.1％高於容許值上限，后里居民早就生活在一個高健康風險地區。所以有多位環評委員認為，中科三期開發案應該進入二階環評，做更嚴格的把關。
不過民國95年6月30日的第142次環評大會，從來沒有出席過專案會議的官派委員在大會中現身，化身為支持開發的「鐵票部隊」，會中投票表決，以11比8有條件通過中科三期開發案，當時專家學者身分的環評委員，有人退席抗議，有人當場請辭。前環評委員李根政說，這樣惡質不尊重專業的審議結果，就是行政院把手伸進環評會的必然結果。
中科三期環評結論的附加條件，是要求中科管理局在營運前，應該提出健康風險評估，送環保署另案審查，對七星基地更進一步設限，如果評估結論對居民健康有長期不利影響，應無條件撤銷。在環境衝擊還沒釐清前，就以附加條件方式包裹過關，中科三期曲折荒謬的環評爭議，從此展開。
中科三期沒有經過二階環評就過關，居民認為違反環評法，向行政法院控告環保署，請求撤銷環評結論。民國99年1月21日最高行政法院判決定讞，撤銷中科三期環評結論。
最高行政法院認為，開發單位沒有採樣與檢測計畫，也沒有考量危害物的加乘效應，無法完整呈現對環境的衝擊，而環評會在沒有健康風險評估情形下，就認定對居民安全沒有重大影響，不用進入二階環評，是違法濫用裁量權。前環評委員詹順貴表示，廠商已經開工破壞環境，環保署的威信又喪失，等於宣告環境、環保署、廠商與中科管理局皆輸。
環評結論雖然被撤銷，但當時包括面板大廠友達光電，太陽能產業旭能光電等投資廠商，早已取得建照，正在施工建廠中，政府陷入既違法，又失信於民的極度難堪中。
后里居民依環評法14條規定，環評書未經完成審查或認可前，不得為開發之許可，其經許可者無效，要求環保署應命中科三期依法停工。
不過環保署顯然看法不同，主張中科三期開發案已經審查過了，只是後來被撤銷，並非「自始未經完成環評審查」，所以不適用環評法14條的規範，至於停不停工，是目的主管機關的權責，環保署管不著，還在各大報刊登廣告，指最高行政法院的判決是無效用、無意義、破壞環評體制，公然挑戰司法判決。當時的國科會副主委陳正宏也強調，中科不會停工，中科管理局將全力追求通過未來的環評審查。
為了從環評被撤銷的困局中解套，環保署以延續會議名義補作環評，拒絕后里居民進場旁聽，決議另行召開健康風險評估專家會議，把之前的環評漏洞補起來。但是對於中科三期環評被撤銷，仍繼續施工，后里居民向行政法院申請假處分，要求環保署逕命國科會，在重新通過環評審查結論前，停止現有的開發行為。
民國99年7月30日，台北高等行政法院同意居民的申請，裁定中科三期開發許可應該停止執行，同時環保署必須直接命令中科管理局，自即日起停止實施開發行為。后里農民王婉盈掉下眼淚說，這是農民遲來的正義。但是后里農民主張的正義，真的來了嗎？
行政部門的反撲逐步展開，環保署表示會轉知開發單位中科管理局停工，但嚴詞批評法院這項裁定，是國家災難。開發單位和經濟部門話講更白，當時國科會副主委周景揚說，制度不妥導致廠商無辜受害，後續相關賠償將由全民埋單，造成雙輸局面。前經濟部長施顏祥表示，這項裁定對科技產業的招商引資，會有很大的不利影響。當時的行政院長吳敦義也強調，已經投產的企業，不會遭受停止生產的狀況。
台北高等行政法院這項假處分裁定，意外造成司法和行政權間的對壘。就在前行政院長吳敦義強調，廠商投產不受影響的隔天，備受行政部門指責「破壞環評體制」、「是國家災難」的行政法院，打破法官不語原則，史無前例發布新聞稿聲明，應停止的中科三期開發行為，依法包括施工及營運。
環評被撤銷還被勒令停止施工營運，行政院開始啟動跨部會的反制行動，首先提出抗告，尋求停損點。接著在法務部背書下，中科管理局提出「停工不停產」的對策，已經完成超過80％的公共工程，雖然依法停工，但主張假處分的適用對象，不及中科管理局之外的第三人，所以廠商沒有停工與否的問題。
甚至總統馬英九也在第七屆全國工業發展會議中，對中科三期這個還在上訴的個案表態，他說面對一個違法的行政處分，法官有時候為了公共利益，不能撤銷，因為大法官解釋中也強調，信賴保護是法治國非常重要的法律。馬總統將廠商利益和公共利益畫上等號，質疑行政法院撤銷環評的適法性，遭到法界質疑，有違憲政體制。
行政院一方面切割開發單位和廠商的身分，迴避要求停工的假處分，另一方面環保署排定連續三天的議程，加緊環評腳步，希望盡速產生新的環評結論，從被撤銷的判決中脫身。前行政院長吳敦義說，如果順利通過環評，台北高等行政法院貼的暫停施工的符咒，就可以完全拿掉。
中科管理局委託中國醫藥大學所做的健康風險評估出爐，在沒有加計環境背景值的情況下，中國醫藥大學教授許惠悰說，總增額的致癌風險大小在2.00*10-7，評估結果低於可忽略的風險，最後在多位專家質疑聲中，通過審查。
民國99年8月31日，后里居民在大雨中舉著停工、停審的抗議旗幟，依然被拒馬阻隔在第197次環評大會議場之外，依據健康風險評估專家會議的審查結果，中科三期開發案再度不需要經過二階環評，以有條件通過的方式，闖過關卡。
后里居民再度提出撤銷民國99年環評結論，以及停止執行相關許可的行政訴訟。一審雖然敗訴，但在上訴最高行政法院時獲得翻案。最高行政法院認為，環保署沒有考量原有污染的健康風險，以舊的環境檢測數據匆促審查，而且沒有停止開發，可能已經造成「既有實害」，以要求履行附加條件方式，認定不用進入二階環評，是倒果為因的作法，裁定發回更審。
后里居民花了八年青春，才回到中科三期應進入二階環評的原點，但是廠商早已進駐營運，污染每天在進行，環境背景值不停的改變惡化中，環境影響評估要如何進行？后里農民王婉盈說，七星基地已經完工了92%，如果沒有停工就在審查，這些高科技所排的廢水、空氣，就變成實質傷害，質疑現在的二階環評，有什麼意義？
律師林三加質疑，同時施工營運然後邊審環評，它的結果是什麼？台北高等行政法院的法官曾直言，那就是假定環評一定要通過，如果這個環評會議是一定要讓開發案過關，就是假環評。
八年來，后里居民和政府打了二十多場官司，如今中科三期的環評，第一次被行政法院撤銷，環保署又自行廢止了第二次，后里居民的堅持讓人嘆為觀止，但是持續在法院中拼搏，既不是政府期盼，也不是后里居民所樂見，后里農民王婉盈表示已提出和解，希望法院能針對居民提出的和解條件做協商，中科副局長陳銘煌也表示，願意進行和解。王婉盈強調，后里居民仍然全力爭取，希望中科三期七星基地，停產撤銷。
