梅花鹿是臺灣自然史的一部分，因為身上的白色花斑，因而有梅花鹿之名。據史料記載，在遠古時代臺灣與大陸板塊相連結時，就有梅花鹿移入了。隨著環境變遷演化為臺灣特有種，活躍海拔五百公尺內的丘陵與平原。
在臺灣歷史裡，鹿是先民日常生活的一部分，並遍佈全台。然而，十七世紀荷蘭人帶來經濟活動之後，開啟了梅花鹿在臺灣的大浩劫。鄭成功光復臺灣，將平原大量開闢成田園，種植甘蔗與糧食作物，梅花鹿失去了與人競逐的最後空間。
史書中記載最後一隻梅花鹿，1969年出現於臺灣東部山區，此後野外的梅花鹿正式在人間宣告絕跡。所幸，野生動物的保育逐漸受到世界各國重視，1974年成立國際自然資源保育聯盟，進行受威脅鹿種之研究計畫，臺灣梅花鹿列入其中。1982年，經由東海大學甘素善博士提議，臺灣在多項有利梅花鹿復育的客觀條件下，1994年開始於墾丁國家公園社頂地區進行復育。
復育臺灣特有的梅花鹿亞種，是臺灣野生動物保育的重要成就，但是大環境的改變，保育工作面臨了當初未設想到的課題。由於梅花鹿容易罹患人畜共通的結核病，而將之歸類為家畜，從此失去野生動物的資格，不再受到《野生動物保育法》的管理與保護。
師大生物系教授王穎表示，在不影響梅花鹿的基因多樣性與棲地植被的前提下，將部分鹿隻遷往別處合適地圈養或野放是可行的。至於獵殺，則是得不到普遍的認同。此外，梅花鹿的保育與資源利用正朝著經營管理的方向前進。
