祈偉廉指出，幫助養殖業者追溯文蛤死亡的原因，對黑面琵鷺是直接的幫助。他表示12月8日的前四天，高溫和低氣壓導致魚類食慾低落，水中溶氧量變低，文蛤容易因此死亡。除了追查文蛤的死因，黑面琵鷺覓食區域裡也應投入養殖技術的研究，魚塭才不會成為肉毒桿菌的溫床。
中毒事件發生之後，台南縣政府與農委會舉辦了黑面琵鷺國際研討會，報告中毒事件的處理過程和研究、未來保護區經營管理的建議，與其他國家的經驗；農委會則提出瀕臨絕種保育類動物重大病害的通報及緊急應變措施草案，台南縣政府也建立巡守員制度，加強環境的監控與清除病源。
另外，為了因應類似事件，設立緊急應變機制與緊急覓食區。在研究方面，除了成立管理及研究中心外，同時與特有生物研究保育中心合作成立濕地分所進行相關的研究。可惜，民眾參與的機制並沒有列入台南縣政府的黑面琵鷺保育經營管理重點項目。
中央與地方政府都提出這次事件的檢討與未來要努力的方向，但重點在於執行與落實的能力。期待10月黑面琵鷺再度來到台灣時，我們能提供他們安全無虞的度冬環境。
