湖山水庫所在地，是林務局正準備劃設的「八色鳥重要棲息環境」的保育重點區域，在水利署所提的八色鳥保育措施，還沒通過環保署審查之前，林務局無法解編保安林地供水庫開發，這幾年來，環保團體與水利署的攻防戰，不曾停歇。九月下旬，雲林環保團體發現，台電公司竟然在幽情谷違法開路，準備遷移水庫淹沒區的電塔，幽情谷面臨一場空前的浩劫。混濁的溪水中，看不到以往成千上萬的蝌蚪，水中的魚蝦被掩蓋在土石之下，而在山壁上，法律明定要保護的稀有植物「圓葉布勒德藤」，有的僥倖逃過怪手的魔爪，往年都有八色鳥築巢紀錄的地點，這次也無法倖免於難。陳清圳認為，環保署要嚴格把關，保育措施做不到，就要退回。
這次違法開路，是水利署還是台電的責任，十月十三日，立委尹伶瑛召集環保署、水利署、林務局以及台電公司到現場會勘，這片土地現在是水利署中區水資源局所有，但是任何的開發行為，仍然受到環評法跟森林法的約束。森林法明定應報經主管機關並會同有關機關，實地勘查、同意後才能施工，主管機關是林務局還是水利署中水局，雙方看法不同，開路的責任由誰負責還要釐清，而環保團體也已經展開法律行動，到雲林地檢署按鈴控告水利署中水局以及台電公司。
十一月三日，立法院永續會邀請相關單位與民間團體，針對湖山水庫，展開一場精采的論戰。從壩體安全、水庫淤積，到生態保育措施以及環評等問題，都是大家討論的重點。這個斥資215億元，而且爭議性高的水庫，水利署認為是為了民生用水而蓋，環保團體則認為是為了離島工業區。而進入環保署的網站，查詢湖山水庫的環境影響評估，環評開發目的清楚寫著，湖山水庫是提供雲林、南投的用水，也作為離島工業區的中長期用水。
水利署長陳伸賢強調，湖山水庫可取代雲林民生用水抽取地下水，也把枯水期工業調撥農業用水還給農業，農業就不用抽地下水，湖山水庫每年約有一億噸的水可以取代抽取地下水，對地層下陷有實際幫助。高雄教師會生態教育中心主任李根政認為，今年年底，林內淨水場開始運作，集集攔河堰每天要提供20萬噸的水給淨水場，就可以替代雲林民生用水抽取地下水的情形，在沒有新增加的用水量，湖山水庫拿來供應原本抽取的地下水才有幫助，現在是要給六輕以及大煉鋼廠等新的水資源需求，對地層下陷幫助有限。
湖山水庫與集集攔河堰聯合運用，每天可以提供69萬噸的水量，以現在雲林每天20萬噸的民生用水量，扣除集集堰所承諾的民生用水量，湖山水庫大約只佔一成是作為民生用水。到了民國110年，水利署預估民生用水每天要41萬噸，這表示雲林人口要成長一倍，民生用水推估的方式，值得來討論。如果興建湖山水庫，在枯水期，工業就不用調撥農業用水，把水還給農民使用，但是對減緩地層下陷，湖山水庫其實幫助不大，農業抽取地下水的水權量，並沒有用地面水取代，對雲林縣民來說，解決地層下陷的危機，比產業發展還重要。
斷層離湖山水庫壩址只有1.8公里，當地地質又脆弱，即使水利署對水庫安全信心滿滿，當地居民對崩壩的恐懼始終存在。湖山水庫是雲林民眾不得不承受的風險嗎？從事地下水研究的中研院地科所汪中和老師認為，從成本效益分析，以及對社會、環境的衝擊來看，它並不是最理想的水資源開發方式，採用地下攔河堰或是伏流水的開發，都是成本低、破壞小、效益高的方式。汪中和老師強調，國家發展是要經濟成長，但是在雲林地區，地層下陷的損失已經相當嚴重，療傷止痛是最優先的方式。地面水要優先供應民生與農漁業使用，工業用水量龐大，而且工業有能力負擔比較高昂的設施跟水價，地層下陷的問題不優先處理，工業所帶來的經濟效益，無法彌補地層下陷的損失。
台灣的平原有三分之一，已經有地層下陷的情形，更有相當於半個台北市的面積，是低於海平面，地層下陷的災難比不上經濟發展重要，水資源的思考模式，在政黨輪替之後依舊沒有改變，即使拚贏了經濟，卻已經輸掉了台灣的土地，解決之道，是要提升水利署的層級，跳脫經濟部的附庸，站在永續發展的基礎上，擬定水資源政策。
三合一選舉過後，立法院全院聯席會開始審查預算，湖山水庫95年度4.5億元的經費能否過關，將是水資源政策的重要指標。
