經過檢驗，發現水鳥的死因是肉毒桿菌中毒。為防止毒素繼續擴散，3月11日高雄市農業局、屏科大、高雄鳥會和台北鳥會等單位，合力在雙園大橋一帶清除了七百多隻鳥屍。在搜尋過程中，只要有還活著的水鳥，也會盡快帶回去治療。
中毒情況較輕的水鳥，復原之後，為了讓牠們盡速回到北返隊伍中，已經分批野放到其他狀況穩定的濕地。但在這場浩劫中被救活野放的候鳥，還不到一百隻。
為什麼候鳥會死於肉毒桿菌？病源又是從何而來？其實，肉毒桿菌原本就廣泛存在自然界中，在缺氧的環境下，才會開始釋放毒素。
過去，台灣也發生過幾次候鳥誤食腐魚，肉毒桿菌中毒的狀況，今年台南的安南區、高雄茄萣濕地，更發現有黑面琵鷺中毒的案例。十幾位社區志工每天輪班到茄萣濕地清除死魚，看到死鳥也會馬上通報，就怕中毒情形擴大，再度波及黑面琵鷺。
既然候鳥因為肉毒桿菌中毒並非個案，為什麼高屏溪口的情況，特別嚴重？仔細觀察高屏溪，冬天枯水期時，泥灘地就附上黑色、墨綠色的藻類，水也散發惡臭，在這樣水質欠佳的環境中，一旦有魚死亡，就容易讓肉毒桿菌大量繁殖，鳥如果誤食死去的腐魚或腐屍上的蛆，以及被肉毒桿菌污染的其它食物，就會中毒，甚至死亡。
候鳥大量死亡，反映出什麼樣的生態警訊？循著高屏溪支流，可以找到一些線索。在對岸的屏東境內，流經市區的牛稠溪和另一條支流武洛溪，溪水充滿雜質、異味撲鼻。工業、畜牧和生活廢水，全部未經處理就匯入高屏溪下游。
鳥是環境指標，只要高屏溪的環境沒有改善、污染源沒有受到控管，河川生態就只會持續惡化。今日鳥類，明日人類，這群遠方來的候鳥，用牠們的生命，想喚起人們對河川生態環境的重視。但生活在這條溪兩岸的數百萬人口，是否聽見了牠們傳來的警訊？
