綠島擁有一片繽紛多樣生命的海底世界，然而現在卻變了樣，海岸不斷地漂來死魚，而且都是大型魚類，這在綠島是非常罕見的情況。長年在綠島潛水的李興輝說。海底下到底發生了什麼事，讓仰賴海洋生活的居民內心是憂心忡忡，「以前在潛水時，常能看到一大群魚群，但是現在魚群都不見了。」
海中載浮載沉的死魚，在綠島掀起風暴。從去年12月中旬開始，在綠島北邊就有死魚漂上岸，而且都是大型魚類，一開始居民不以為意，因為過去每當海況不好、氣候惡劣，就會有魚死亡，居民會撿拾來吃，但不同的是，這次的魚都是大魚，而且當每天都有死魚不斷漂上岸，居民心裡開始擔心這些魚能不能吃，學術單位、漁業單位開始介入，希望釐清死魚之謎。
這兩個月來，死亡的魚種就高達二、三十種，其中鸚哥魚和鼻魚是主要的魚種，最大的都有超過60公分。在綠島出生的蔡居福船長，從小到大也沒有遇過這種情形，看過漂上岸的死魚，想著會不會只是冰山一角，他決定出海了解海底的狀況。結果發現在柴口附近海域的景象讓人相當擔心，不僅大魚死光，就連珊瑚也無可避免地死亡。
李興輝還說到，綠島燈塔附近更是嚴重，整個海溝都是死魚，甚至連龍蝦都死掉，這是往常潛水不可能看到的事情。但魚的死因還無法確定，但依照蔡居福船長的經驗，認為毒物的可能性比較大，魚吃了毒物，會慢慢地死亡，不像是用電魚或炸魚一樣會立即死亡。
海生館研究人員孟培傑，在綠島進行珊瑚的研究，採取海水樣本是工作之一。他使用採水儀器取了不同深度的海水，現場測量溫度、酸鹼度和溶氧量，初步並沒有發現任何異常，而進一步的物理、化學以及毒物的分析，則是回實驗室之後會做後續的檢測。
但是在所有的水質檢測資料出爐後，卻沒有發現異常狀況。而澎湖水產試驗所也接受委託，對死魚進行解剖，從20幾尾的樣本中發現，魚體外觀與內臟都很完整，初步排除電魚、炸魚的可能，也沒有遭受細菌病毒感染的跡象，但卻有一些特別的徵狀值得討論。
「可以在腹腔看到肝臟有產生黑斑，消化系統沒有食物，腹部體壁相當的薄，可以看在死之前，有很長的一段時間沒有進食，體脂完全耗盡。」檢驗人員說。送檢的魚體還有一個特徵，就是有鰓蓋紅腫的現象，造成魚本身無法進食。
澎湖水試所也送了一百多個檢體到農委會農藥試驗所分析，結果並沒有發現有毒物質。雖然沒有毒物反應，澎湖水試所人員還是認為，這次死魚事件可能和毒物有關。
中研院生物多樣性研究中心的鄭明修老師，在整合所有的資訊後，也判斷可能是毒物造成的，但對於為什麼在魚體和水質中都檢測不出毒性反應，鄭明修說，一般農藥、毒藥，在陸地時，會殘留在動物屍體上，但假如是水溶性藥物，會經過海水化學物質的融合，容易消逝不見。
綠島死魚事件尚未落幕，現在還是有零星的魚漂流到岸邊，學者建議綠島北部海域的魚暫時不要吃，現在能做的就是海底撈針，潛入大海找尋死魚之謎的答案。
