新北市坪林區的金瓜寮溪，位於翡翠水庫上游水源保護區，加上當地居民執行封溪護魚二十年，孕育豐富生態，生態觀察者陳明德已經在這裡累積了十五年以上的觀察經驗。他的主要目標，是台灣體型最大的貓頭鷹-黃魚鴞。
長期關注溪流生態的台灣休閒漁業發展協會副秘書長左承偉指出，金瓜寮溪一帶之所以能支持，包括黃魚鴞在內的數種猛禽棲息，是因為這裡保有少數完整的低海拔生態系。正因如此，今年7月陳明德等人發現金瓜寮溪正在進行整治工程時，都感到非常緊張。
金瓜寮溪工程設計遭議 威脅樹木生長與黃魚鴞育雛
蜿蜒多姿的曲流，是金瓜寮溪的特色之一，在坪林觀魚自行車道碑下方，正對著一個將近一百八十度的曲流，道路位於溪流攻擊坡一側，在溪水沖刷下，道路基腳逐漸掏空，生態人士並不反對維護道路安全，但認為道路對岸的堆積坡，不需要開挖，質疑工程設計過當。
原先的工程設計之所以會把堆積坡淺灘挖開，是因為台北水源特定區管理局認為它會持續淤積，使河道變窄，進而加速攻擊坡的侵蝕。但左承偉拿出工區2003到2018年的空照圖，指出這塊堆積坡的大小跟範圍，十幾年來都沒有太大差異，表示它應該已經達到動態平衡。這次工程把堆積坡連原本的溪岸雜木林一同剷除，將使植被過濾泥沙的功能喪失，而少數幾棵被保留的大樹，也疑似在工程進行中，發生枝幹被折斷的現象。左承偉指出，這可能會讓真菌從傷口入侵，使樹木死亡。
雖然管理局有進行濁度監測，不過左承偉實際來到工區下游仁里坂橋下觀察，發現溪床石頭上，還是覆蓋了一層泥沙：「原本溪岸的植物根系可以避免過多營養鹽、礦物質一下子進到溪流中，現在這裡已經長出絲藻，代表水質開始優養化。」
陳明德則擔憂，工程進行期間正好是黃魚鴞的育雛期，若工程擾動，影響牠們賴以為生的水生生物存活，可能導致育雛失敗，特別是黃魚鴞一年大多只孵育一隻幼鳥。
為了減輕工程對環境的影響，政府訂定了公共工程生態檢核注意事項，希望透過事前的資訊公開、公民參與，以及組成包含生態背景及工程專業的跨領域團隊，來確保工程從設計規畫到完工後的維護管理，都能納入生態考量。這次金瓜寮溪整治也有執行生態檢核，但關切此事的生態工法基金會、台灣猛禽研究會等團體，質疑管理局的生態檢核團隊，在資料蒐集、生態調查方面不夠確實，竟不知道這裡是黃魚鴞的棲地。
台北水源特定區管理局在工程進行前，曾邀請水患治理監督聯盟決策委員梁蔭民到場現勘，但管理局當時僅進行口頭說明，並未提供工程設計圖。梁蔭民在7月26日爭議發生後，管理局辦理的現勘場合中，表示自己對實際施工狀況也感到很訝異。
類似金瓜寮溪的工程爭議並不是個案，台灣環境保護聯盟花蓮分會會長鍾寶珠表示，自己曾參與溪流整治工程前現勘，並提出建議，之後卻發現完工後實況與當初的建議落差極大：「我覺得公共工程委員會要把參與機制寫清楚一點，設計過程應該也要參與，才不會發生完工後環保團體提意見，好像我們在反對你（工程單位），其實是這個過程缺少溝通。」
花蓮鱉溪整治納生態檢核團隊 確保工程從設計到施工符合規範
這種缺少溝通的情況，也曾發生在花蓮的鱉溪治理上。水利署第九河川局原本計畫在此進行景觀營造，但居民認為工程設計過於人工化，而表達反對，2019年九河局將工程取消，並成立鱉溪流域管理平台，希望以流域綜合治理的視野，整合不同公部門、民間團體、社區部落的意見與資源，系統性的改善鱉溪面臨的問題。
鱉溪面臨的問題之一，是部分溪床淘刷嚴重，影響最劇的河段，估計40年來下切了12公尺，即使陸續蓋了三層水泥護岸，仍無法解決問題，因此今年鱉溪在執行護岸修復工程時，決定不使用水泥，而是採「還石於河」方式，在護岸基礎裸露處拋填塊石，使護岸表層粗糙化，溪水就不會在此局部加速、持續淘刷；另外模仿溪流自然堆疊的岩石樣貌，設置五座不用水泥的石樑固床工，希望能藉此留住泥沙，使溪床逐漸回淤到原本的高度。
為了執行這次工程，九河局除了自己有一個生態檢核團隊，還要求施工廠商另外聘請自己的生態檢核團隊，做為自主管理的一環，避免因為缺少現場的即時提醒、確認，而使工程實際執行狀況與生態檢核要求產生落差。同時也因為從規劃設計到施工規範，都已經在流域管理平台做過初步討論，而使工程在不影響生態的前提下，能順利進行，甚至提前完工。
溝通基礎需要時間建立，台北水源特定區管理局在金瓜寮溪工程引發爭議後，暫時停工，另外召開會議來討論工程變更設計的可能，最後決定取消三道固床工、堆積坡砌石護岸移除、改為掛網植生。不過左承偉擔心，原生濱溪先驅樹種如構樹、血桐等的苗木，通常難以取得，若直接以撒種方式復育，這些樹種有可能競爭不過外來種雜草，要恢復到接近原本雜木林的樣貌，可能需要十幾二十年以上。
生態環境一旦受到影響，往往需要漫長時間才能恢復。台北水源特定區管理局局長周文祥承諾，未來要進行類似工程時，會把生態工法基金會及台灣猛禽研究會等民間團隊，納入諮詢對象。
對人類來說，溪流提供了珍貴的水資源和遊憩環境；對自然中的動植物來說，溪流更是牠們賴以為生的家。當人類想控制自然的侵蝕、洪氾，便可能改變溪流的面貌，影響生物生存。要落實生態檢核的精神，在兩者之間取得平衡，有賴政府機關、民間團體與工程單位，秉持開放的心態，持續溝通與學習。
