據統計，台灣每年化學肥料使用量在1940年為5萬公噸，1995年增加到145萬公噸，等於平均每人每年撒下65公斤的化學肥料到土壤裡。化肥會劇烈地改變土壤的狀態，造成土壤的酸化和密實。因為有缺乏有機質，無法緩衝水分、空氣通透性不好、變成厭氣發酵等，都是造成病蟲害的主要原因。
桃園新屋的農友李順雄表示，耕種了9年的土地，4年前開始發生鹽化的狀況，導致蔬菜產量減半。他開始使用有機肥和生菌改變土質，搭配澆水和雨淋稀釋鹽分，改變土質，讓土地休息。
「綠色革命引用很多的化肥、農藥來保證整個農產品的產量，」台灣大學農業化學系副教授吳三和指出，這樣的引入為台灣農村帶來很大的問題。以前農家養家畜的排泄物、稻草還有雜草都可以作為農作物的堆肥，形成完全自然循環的體系。後來為強化產量的概念，引進化學肥料跟化學農藥，緩效性的有機堆肥逐漸被農產者淘汰，加上分工越來越細，這個自然的體系因而斷裂，老祖宗世世代代累積在土壤中的有機質，也在30、40年間被慢慢耗盡。
有幸的是，大約10年前，以維護土壤及自然生態平衡為宗旨的有機自然農法逐漸在台灣萌芽。這些農友或以現代化方式管理，或回歸自然的栽種方式讓土壤回復地力，如著重以有機肥進行土壤改良，不使用農藥的陳平和，以及堅持回歸自然界生態平衡，自然農法的擁護者梁正賢等。
現在台灣農地進行有機耕作的面積，已成長到總耕作面積的0.25%，只要堅持下去，未來台灣的有機農業，仍有很大的發展空間。
