遊客除了來這座珊瑚礁島吹海風，享受小島風情，浮潛看海龜，潛水與海龜共游，更是必定嘗試的火紅行程。潛入海底，尋找海龜身影，躲在珊瑚礁裡的海龜，發現有人靠近，緩緩起身離開，有些則是抬頭觀望，又老神在在趴著休息，還有的海龜，不管周遭變化，繼續清潔身體，磨磨背、捉捉癢，長期紀錄海洋生態的郭道仁驚嘆，在台灣其他海域潛水，要遇到海龜就很困難，更別說如此近距離觀察。
海龜的一舉一動，都吸引遊客目光，由於海龜是用肺呼吸，需要不定時到海面上換氣，因此人們甚至只要站在岸邊，就有機會看到海龜探出頭來。
與海龜相遇，遊客覺得很新鮮，對小琉球人來說，一點都不稀奇，因為這是他們從小看到大的鄰居。曾毓文十五年前返鄉經營觀光，回想小時候，長輩們坐在廟口乘涼，常談論今天又有幾隻海龜游進港口，對於海龜為什麼會喜歡上自己的家鄉，他認為主要因為小琉球是珊瑚礁島，食物豐富又有很多孔洞可棲身，除了有的吃有的住，傳統民間信仰也間接守護了海龜。
小琉球有近百座廟宇，因為討海有著太多風險，神明成為小琉球人，祈求平安的重要寄託，傳統宗教裡面，四大神獸包含了龍、鳳、麒麟、龜，早期以捕魚維生的小琉球人不敢冒犯海龜，甚至老一輩討海人還流傳著，海龜會救人的民間傳說，因此小琉球人不殺龜。
不過近岸的漁業行為，還是對海龜產生影響，許多海龜被誤捕，或受困網中溺斃。2013年，小琉球為了復育漁業資源，全面實施離岸3海浬海域禁止使用刺網，不只讓海洋生態有了起死回生的機會，也降低海龜的致命危機。
海龜之島的盛名，也受到研究人員關注，2011年海洋大學研究團隊，開始在小琉球進行生態調查。小琉球見到的海龜，是保育類的綠蠵龜，由於綠蠵龜愛吃海藻、海草，牠們常趁著漲潮期間，到潮間帶找東西吃，研究人員會在此時進行浮潛調查，到底小琉球周遭海域有多少隻綠蠵龜？牠們只是短暫路過？還是長住？要找到答案，得先建立海龜的身分檔案，也就是Photo ID。
每隻海龜臉上的鱗片大小、形狀、數量都不一樣，就像人類的指紋一樣，透過照片仔細比對，就能知道牠是哪位，目前研究人員已經辨識出四百多隻個體，初步估算平均約有163隻的綠蠵龜，生活在小琉球周遭海域，海洋大學海生所博士生李思緯表示，大約有三成綠蠵龜可能長期住在小琉球，七成的綠蠵龜把小琉球當成中繼站，在這休息成長之後，就會踏上下一個旅程。
其實海龜可說是海洋中的旅行者，小海龜在沙灘上孵化後，會直接奔向大海，然後躲在漂流性馬尾藻下方，順著洋流遷徙，等到四五歲，開始尋找食物豐富的珊瑚礁或海草床來居住生活，再經過數十年，長成為成龜後，返回出生地繁殖後代。
小琉球得天獨厚，不只海洋珊瑚礁是綠蠵龜的攝食地，白沙海岸更是母龜最佳的產房，每年五到十月，是綠蠵龜上岸產卵的主要季節。夜晚，海洋大學研究人員沿著沙灘巡視，聲響、燈光等人為干擾，都可能會影響綠蠵龜產卵，甚至沙灘上的漂流木與垃圾，都會成為小海龜返回大海的死亡陷阱。
經過多天的觀察等待，終於在肚仔坪海岸，觀察到一隻母龜上岸。目前在澎湖、蘭嶼、東沙、南沙等地，都有綠蠵龜上岸產卵的紀錄，而在小琉球，平均每年發現三到四隻母龜的蹤跡。
母龜準備產卵，會先用前肢挖個大洞來容納身體，再用後肢在尾巴附近，挖出深約50到60公分的小洞，當做產卵洞，每次約產下一百多顆龜卵。完成產卵後，母龜會仔細覆土，從觀察、尋找合適地點、挖洞、產卵到覆土，往往耗盡數小時的時間與精力，最後才緩緩爬回海中。
究竟這些綠蠵龜從哪裡來？又去了哪？2014年研究人員在一隻母龜身上，安裝衛星發報器，追蹤洄游路徑，發現在三十三天內，牠游了1719公里，回到覓食海域東沙環礁，順利的話，兩三年後牠又會再次踏上遷徙旅程，回到小琉球產卵。
綠蠵龜在大海中旅行，一切的準備就是為了返鄉，對海龜來說，出生地是永遠無法抹滅的記憶，在茫茫大海中，總有辦法找到回家的路，其實許多小琉球人也一樣，出外求學打拼，時時刻刻等待機會返回故鄉。
潛導蔡宗樺跟遊客詳細解說，與綠蠵龜共游要注意的規範，對他來說小琉球的海洋無比重要，三歲就離開小琉球，這片海洋與綠蠵龜，讓他有機會回鄉發展。
而愛海的潛水人蘇淮，則是看上了小琉球的獨特性，為了長期紀錄海龜生態，特別從外地搬來小琉球居住。蘇淮發現許多綠蠵龜都會在固定海域出沒，所以他開始定點觀察，並比對牠們臉部與身體特徵，幫牠們取名，從「吃貨姐」、「長毛」、「倒頭栽」到「刀疤」等，現在每次下水，他都可以認出這些海龜朋友。
對他來說，能看到朋友都好好安在，就是最欣慰的事，因為海洋裡有太多危機，尤其人為廢棄物，總讓海龜傷痕累累，像是廢棄的線、魚鉤會纏繞住海龜的身體，有些海龜甚至因為廢棄漁網，丟了性命，即使幸運掙脫，也可能失去手腳，還有許多海龜把垃圾當成食物。
在蘇淮的鏡頭裡，有從肛門排出塑膠袋的綠蠵龜，有被橡皮圈和鐵夾圈住的河豚，各種海洋生物都深受其害。
小琉球海岸或海漂垃圾，最常見的有兩類型，主要是漁業或遊憩行為產生的，每年來小琉球的觀光客超過四十萬人次，尤其最熱門的夏天，氣候炎熱飲品熱銷，累積起來的垃圾量相當可觀，即使這些垃圾沒有流落海洋，每年政府也要花一千萬元，運回屏東處理。
因為看到綠蠵龜的處境，有些小琉球人開始有了改變，蔡宗樺白天帶浮潛，晚上利用自家老房子做起飲料生意，他從減塑當成行動第一步，有些民宿業者，也發起自備盥洗用具的減價行動，並且不再提供一次性小包裝的沐浴乳、洗髮精，畢竟自然資源是小琉球的金雞母，一定得謹慎守護。
而綠蠵龜要面臨的挑戰，是越來越多，當綠蠵龜成為小琉球的明星物種，帶來無限商機，商機背後是環境承載量逼近飽和的生態危機，寬闊的沙灘，早已被港口 堤防、道路切割吞噬，地形變貌，不只母龜找不到適合的產卵地點，甚至產卵之後，因為潮水侵襲，龜寶寶沒有機會孵化。
尤其夏季與假日，島上人滿為患，日日夜夜產生的廢水，直接排入海洋。面對人潮就是錢潮，小琉球到處可見正在大興土木，不論是農地或保安林，合法與不合法的土地，紛紛蓋起民宿或餐廳，就連綠蠵龜重要產卵地，肚仔坪潮間帶的上方，都無法倖免於難，根據琉球鄉公所資料顯示，目前島上有三百到四百家民宿，有登記的只有68家左右，等於四分之三以上的民宿，沒有取得合法建照。
小琉球曾經在1980年代，創造一波觀光熱潮，然而過度擷取海洋的後果，讓小琉球一度蕭條到谷底，歷經多次大起大落，海洋生態還沒機會完全恢復，從谷底爬起來的小琉球，已經沒有本錢再輸一次，當各地海洋環境日益惡化的同時，綠蠵龜也沒有退路。
經過五十天的等待，小海龜誕生了，緊接而來的是大自然的嚴苛考驗，牠只有千分之一的機率可以順利長大，如果牠是那位幸運兒，數十年後，或許有機會在小琉球再度相遇，記憶中的出生地小琉球，還會是原來的模樣嗎？
