新冠肺炎被認為與17年前的SARS一樣，可能源自野生動物，但一群聯合國科學家在2020年4月發表聲明，指出人類是唯一需要為這次大流行負責的物種。其實五年前就有學者做過統計，發現1940年至2000年的新興傳染病爆發原因，農地利用改變及棲地破壞，占了最大比例，這些因素可能增加野生動物與家畜、人類接觸的機會，進而傳播疾病。
1998年，馬來西亞立百病毒的爆發，正是因為棲地破壞。起因是帶原的果蝠在原本居住的森林被砍伐後，轉而棲息在果園和鄰近豬舍，透過排泄物等途徑將病毒傳染給豬，再經由養豬場員工引發人類族群的大流行，當時導致雙溪立百村一百多人死亡。
台灣雖然尚未發生立百病毒感染案例，但也有其他長期存在的人畜共通傳染病，狂犬病就是其中一個例子。2020年年初，一隻在花蓮市市郊被發現的白鼻心，確診染上狂犬病，為了釐清疾病擴散情形，屏東科技大學野生動物保育研究所副教授陳貞志與台中市野生動物保育學會合作，在防檢局委託下，進行野生動物採樣調查。他表示，狂犬病相隔半世紀於2013年再度現蹤後，許多人開始關注野生動物疾病監測的重要性，「否則有一天，疾病可能感染家畜，感染人。」
從SARS到新冠肺炎，近年不少新興傳染病的源頭都指向蝙蝠，不過中原大學生物科技學系副教授陳怡寧，檢驗台灣31種蝙蝠的結果，並未發現任何能感染人類的冠狀病毒，反而因為牠們會捕食病媒蚊及農業害蟲，其存在對人類利大於弊。
世界上所有生物身上都會攜帶病毒、細菌等微生物，野生動物身上的病原是否會影響人類，很多時候是取決於我們自身的行為。陳貞志從2016年起開始在鰲鼓溼地進行候鳥禽流感監測，追蹤候鳥活動範圍，釐清哪些區域是禽流感高風險區。他指出，野鴨身上攜帶的大多是低病原性禽流感，避免在野鴨活動區域，如溼地旁，飼養家禽，做好生物安全措施，對預防高病原性禽流感爆發十分重要。
或許從人類的角度來看，與其耗時費力進行監測，更希望能一勞永逸地消滅疾病，但感染人類的一千四百多種病原中，有61%屬於人畜共通傳染病，想消滅這類疾病，只能消滅所有動物宿主，即使我們有可能做到，也負擔不起龐大的生態代價，甚至可能引發反效果。例如加拿大曾經為了防治狂犬病，鼓勵獵人獵殺當地的保毒宿主臭鼬，卻使原本有固定領域的動物，因為受到干擾而遷移，反而更容易將疾病傳播到其他地方。
疾病，原本就是自然界的一部分，就連登革熱病媒蚊也在生態系中扮演重要角色。台灣大學公共衛生學院副教授蔡坤憲指出，病媒蚊同時也是鳥類、爬蟲類等生物的食物來源，牠們只占台灣135種蚊子中的寥寥數種。因此我們在防治疾病時必須因地制宜，居家環境透過清除斑蚊偏好的人工容器，來防止其繁殖。郊區環境如果有疫情發生，可以用暫時封鎖的方式禁止民眾前往，以阻斷疾病傳播，盡量不使用化學藥劑，避免病媒蚊產生抗藥性，或影響蝴蝶、蜜蜂等其他昆蟲。
像是登革熱這種蟲媒疾病，牽涉的往往不僅是醫學問題，還有環境與生態問題，每年都有數百人感染的恙蟲病也是如此。臺灣師範大學生命科學系副教授郭奇芊研究團隊，在2020年發表一篇研究，指出澎湖恙蟲病的盛行，可能與外來種銀合歡占據廢耕地有關。因為銀合歡提供了恙蟲宿主小黃腹鼠良好的棲息地，使恙蟲得以大量繁殖，並且在冬季天候惡劣時生存下來。
恙蟲病的例子，體現了病原、宿主與環境變化之間複雜的交互作用，其中各項因子都可能對疾病發生與否產生影響。陳貞志認為，台灣在病原檢測方面技術十分先進，但面對未來可能頻繁發生的新興疾病，對各項環境因子，如生物多樣性消長、氣候變遷等進行長期監測研究，將是釐清疾病為何、如何爆發的關鍵。
當疾病來襲，考驗的不僅是個人的免疫系統與社會應變能力，也包括我們對與其他動物共同擁有的生態環境，是否足夠了解。在人口持續增加的全球化時代，新冠肺炎絕不會是最後一個新興傳染病，只希望當下一場人類大瘟疫來臨時，我們已有充分準備。
