颱風過後，自來水公司原以為按照往例，兩三天內水庫泥沙便會漸漸沉澱，不料隨著時間推移，水質混濁度竟然一天比一天高，從八月二十六日的2-3萬度，到三十日的4萬度，到了九月一日更飆高到7-8萬度（自來水廠原水濁度超過七千度便無法處理），相關單位這時才警覺到，石門水庫泥沙淤積的高度，恐怕已經超過標高195公尺的石門大圳取水口。而經濟部也趕緊採取臨時應變方案，從石門水庫後池堰及壩頂取水，解南桃園燃眉之急。
石門水庫上游集水區出現什麼問題？
但是，抽取水庫上層水，能夠解得了一時之渴，卻不是解決桃園缺水問題的長久之計。豪雨之後的水荒，暴露出大漢溪中上游集水區管理的種種亂象。
首先是上游集水區管理呈現多頭馬車、權責單位分立的現象。記者在九月二日深入北橫，當時公路局正在搶修榮華壩附近崩塌的路基，為了趕在九月五日之前搶通道路，施工單位將崩塌的土石直接推下河谷，只要再下一場雨，這些土石就會全部送進石門水庫。公路局基於盡速搶通道路的技術本位上，毫不考慮的就將崩塌土石推進大漢溪上游，但是土石推下去容易，要再清出來卻需要花上數倍甚至數十倍的成本。這便是各單位各行其事，沒有整體考量的結果。
台大土木系教授郭正泰指出，石門水庫上游集水區管理權責分立，林班地屬於林務局管理，而原住民保留地屬於地方政府。地方政府為鼓勵地方產業發展，對於在山坡地種植水蜜桃、水梨、綠竹筍等不加遏止，反而常舉辦促銷宣傳活動。不同的管理單位基於部門本位，往往朝著不同甚至互相衝突的目標前進，這是集水區經營管理上的大問題。郭正泰認為，相較於翡翠水庫集水區有一專責的管理機關，水源區的保育也做的較為完善。
大漢溪另一個沉疴已久的問題是中游的採砂亂象。
從石門水庫到板新淨水場的大漢溪水路約有十八公里，沿線有數個砂石廠。八月底九月初，當桃園兩百萬居民求水若渴，淨水場因為水質混濁停擺之際，只見板新淨水場上游河段，位於大溪鎮崁津大橋附近的砂石廠，仍然大大方方的抽溪水洗砂，怪手日日夜夜的不斷將洗砂之後剩餘的廢土推進大漢溪河床，致使溪水混濁河床敗壞。石門水庫混濁的泥水經過這十八公里的河段，還要遭受這些砂石廠的洗禮，才能苟延殘喘地流向板新淨水場，而這就是供給台北縣及桃園地區一百六十萬人喝的飲用水！當地居民表示，這些砂石廠設立在河岸，洗砂傾倒廢土由來已久，但是當記者向管理單位第十河川局詢問，承辦人員僅表示，這砂石廠並不是設立在河川地，若真有其事，他會再進一步了解狀況。
九月六日，當南桃園的居民滿懷期待地打開水龍頭，卻發現水質如此混濁。桃園人何時有清水可用？而混濁的究竟是水，還是權責劃分不明、管理界線不清、執行不徹底的水源保護機制？
