位於桃園的中油天然氣第三接收站(觀塘液化天然氣接收站)，2025年6月完成天然氣輸出能力測試，投入試運轉行列，開始供氣給大潭電廠。
不過，民間團體在2026年1月15日舉辦記者會，提出近年觀察結果，質疑三接工程改變海流，加上沉箱置放，擾動海底表層軟泥，讓部分藻礁遭到泥埋，導致殼狀珊瑚藻覆蓋率降低以及保育類的柴山多杯孔珊瑚生長狀況不佳。中油則認為漂沙是自然現象，三接是屬於開放水域，各種影響都可能出現在潮間帶，淤泥有可能是砂石業者排放所造成。
雙方在二月初共同進行現勘，並在會後辦理檢討會，珍愛藻礁公投領銜人潘忠政表示，這次在預定的勘查地點都未發現到健康的活株，倒是在G2區意外看到1株健康活株。針對此次現勘，雙方皆有共識認為大潭藻礁的柴山多杯孔珊瑚健康度普遍不佳。
爭點：保育類柴山多杯孔珊瑚的恢復力爭議
大潭藻礁的一級保育類物種柴山多杯孔珊瑚，一直是大眾關注焦點。三接工程的開發對柴山多杯孔珊瑚的影響，也是許多保育人士所關心的。
受中油委託的海洋大學團隊在 2025 年第四季生態調查，紀錄G1區的77個點位中有48株被列為「存活」、20株沙埋、7株為水況無法觀察與量測以及2個株未發現；另外在G2區的109個位點則是68株存活，32株未發現，其餘可能沙埋或是水況無法觀察或是量測的。
但柴山多杯孔珊瑚的「存活」以及「死亡」的定義，在現場會勘時，雙方有認知的不同。海大主張，只要在礁體上發現到微小的珊瑚蟲組織或觸手，即便個體已嚴重白化或遭殼狀珊瑚藻附著，仍屬於「活株」，因為從過往經驗來看，仍有恢復的可能；同時也從實驗中，發現採樣回去的白化個體，在仍有組織的狀態，還可再新生長出珊瑚。
東海大學生命科學研究所博士生蔡都樣對海大說法存疑，他說明健康的柴山多杯孔珊瑚為棕色，因為它裡面有共生藻。他解釋珊瑚跟藻類的關係就像房東跟房客，房東就是珊瑚、房客就是共生藻，當房客覺得房東提供的居住環境不好，它就會離開房東，珊瑚就會變成透明或白色，也就是白化。雖然牠還是會捕食東西，可是牠主要營養來源是來自於共生藻提供的養分，如果環境沒有變好，讓共生藻可以恢復，珊瑚在一段時間內就會死亡。蔡都樣認為海大所謂的「重新生長」是在實驗室受控制的環境內，不能等同於野外嚴苛的棲地環境恢復力。
珍愛藻礁公投領銜人潘忠政則建議，未來對柴山多杯孔珊瑚的調查，不要採用籠統的存活/死亡二分法，可建立珊瑚健康度色卡來比對，用量化的方式來做為指標，分成1至5個等級的量表，就能更精確的觀察到，整體珊瑚健康度每一年是往上或往下的趨勢。
海大副校長冉繁華回應，國際間的確有使用珊瑚色卡做為珊瑚健康度的認定，但由於柴山多杯孔珊瑚的特殊性，無法使用一般的珊瑚色卡做為比對，未來可製作專屬柴山多杯孔珊瑚的色卡做為比對，也有助於拉近雙方判定標準的差距。
另外，雙方對於監測點位的數量也有歧異，民團發現部分釘有鐵牌的珊瑚被海大遺漏，而海大則解釋其調查點位是基於委託單位提供的原始點位，未來也會將民團提供的點位也納入複查。
爭點： 殼狀珊瑚藻的變動：自然現象 vs. 工程影響
從海大的簡報資料來看，可看出大潭藻礁造礁的殼狀珊瑚藻覆蓋率逐年下降，民間團體指出與三接工程的擾動有關。
海洋大學回應表示，從長期監測科學數據顯示，這樣的現象並非只出現在施工區域，根據2019-2025年的資料，觀新藻礁和白玉藻礁也同步出現殼狀珊瑚藻覆蓋率逐年下降、非造礁大型藻逐年上升的趨勢。
為什麼會這樣？海大提出兩項可能影響殼狀珊瑚藻的環境因子假說：
1.陸源的輸入：包含淤積和營養鹽污染，可能會影響殼狀珊瑚藻的生長或覆蓋率。
2.區域氣候影響：自2000年以來，桃園外海表層海水溫度就有逐年上升趨勢、加上濁度降低導致透光度增加，共同助長非造礁大型藻類的滋長，進而與殼狀珊瑚藻產生競爭關係，影響到殼狀珊瑚藻的覆蓋率。
另外，關於G1的積沙現象，潘忠政從中油提供的微棲地比例變化圖，指出從2022-2025年的第二季和第三季，可明顯看出沙埋也就是積沙的現象，越來越嚴重，希望海大能找出真正原因，無法接受只用大自然現象的說法來解釋，而規避三接工程造成的影響。
海大回應，殼狀珊瑚藻覆蓋率的變動，主因還是與非造礁藻類(俗稱的大型珊瑚藻)競爭關係變動有關。從2019年至2025年資料來判讀，大潭殼狀珊瑚藻的消長率跟淤積、水溫和濁度有絕對的相關性。
海大提出他們的觀察，不管是東北季風、颱風等，如果颱風有來就會帶走積沙，沙埋情況就會不同，也發現到殼狀珊瑚藻遭沙埋後仍有存活跡象。
不只是漂沙影響到藻礁，民團也強調在G2區觀察到礁體被大量極細的細泥覆蓋，認為這些細泥比一般的海漂沙更細，跟大自然的積沙現象不同。認為淤泥來源與三接的沉箱置放有關，沉箱置放擾動海床表層的軟泥層，這些細粉塵隨潮汐滾動，導致造礁藻類與珊瑚窒息。
中油表示，泥埋有可能是砂石業者偷排或陸源輸入（如社子溪、蘆竹海岸）有關，但環團認為這些地點都有段距離，中油不應否認三接工程完全沒有影響。
會議結論及後續作法
由於大潭藻礁生態不佳是雙方共識，因此找出為何劣化的原因是重要關鍵。檢討會主席陳椒華做出會議結論，建議中油委託專業團隊整合既有的環境監測報告，加以判讀。針對在三接工程之後，漂沙以及泥埋現象對於大潭藻礁生態，包含柴山多杯孔珊瑚的影響做出分析報告，中油表示回去後將會再研議。
出席的環境部環管署表示，近期也會請中油針對這次會勘爭點做詳細報告，並邀請民間團體以及相關單位出席，召開專案監督會議，希望找出大潭藻礁棲地劣化的原因。
