高溫之下，各種物品腐敗的臭味與粉塵，讓空氣中充滿異味，居民擔憂公共衛生問題，國軍除了出動化學兵進行大規模消毒之外，也提供行動沐浴站，讓居民和志工可以有熱水沐浴。在尚未恢復供水的地區，自來水公司也用水車方式提供用水需求。
環境部統計至9/30，累計清出了約3萬5千噸的垃圾，也規劃了四處垃圾淤泥暫置場。
眼看後續又有熱帶性低氣壓逼近，也讓花蓮光復居民擔憂，淤泥會不會再度沖入家園？從空拍畫面可見，這次的重災區佛祖街，因為地勢較低，好幾戶平房被大量土泥覆蓋，只剩下屋頂；光復鄉的信仰中心保安寺，也被土泥淹沒快一層樓，石雕神像也陷在泥淖中。根據農村水保署的統計，馬太鞍溪上游河道平均淤高13.3米，下游河道平均淤高2米，而佛祖街平均淤高了2.3米。
由於這次災害讓馬太鞍溪堤防出現2860公尺的大範圍破口，工程人員忙著搶修，怪手、卡車在馬太鞍溪河床頻繁出入，水利署對馬太鞍溪堤防，進行三重保護的工程手段：內層夯實、中層太空包擋水、外層鼎塊防護，也持續在河道浚深與培厚，將馬太鞍溪的水流改道，避免溪水再度流入市區。
傍晚五點，中央災害應變中心的第25次工作會報的統計， 截至今日30日下午3時，死亡人數18人、失聯人數6人、受傷約139人。林保署透過空拍機，觀測花蓮馬太鞍溪堰塞湖現況，目前水位下降1020.3公尺，面積12.6公頃，剩餘蓄水量585萬噸，但因為河道仍在清疏，加上光復鄉的淹水風險還是很高，因此仍維持在紅色警戒，提醒民眾仍不可輕忽。
