揹著數十公斤的研究裝備，冒著五度C低溫的溪水，中研院團隊在合歡溪進行魚口普查與電捕取樣，採集魚鱗與魚鰭樣本，準備帶回研究室進行DNA定序。
櫻花鉤吻鮭可以說是台灣知名度最高的魚，牠們在冰河退去之後，留在台灣山區，成為陸封型鮭魚，是已知的野生鮭魚分布最南邊的族群，存活在大甲溪上游，因為長期隔離，逐漸演化為台灣特有亞種。
深潭是牠們喜歡聚集的地方，每年10到11月繁殖期，母魚會選擇平緩的淺瀨，用尾巴搧巢。一尾母魚可以產下300顆卵，受精卵經過20到30天會變成發眼卵，180天能長成亞成鮭，這時身上已經有明顯的黑色斑點。二歲大有繁殖能力，繁殖後的個體，有的會死亡，有的能繼續存活，最大年齡可以到四歲。
大甲溪上游的六條支流，從前都有櫻花鉤吻鮭的身影，牠們曾是泰雅族人的蛋白質來源。身為罕見的冰河孑遺物種，日治時期將牠們列為「天然紀念物」加以保護，限制泰雅族人自由捕魚，也限制溪流兩岸的農業行為。(延伸閱讀：莎拉茂鱒 對不起｜環山部落的鮭魚冤獄)
平靜的日子，因為中橫這條穿山越嶺的路，命運急轉直下。
路通了、人來了，果園和農田取代了沿線的一些森林。研究櫻花鉤吻鮭的先驅林淵霖，見證牠們銳減。櫻花鉤吻鮭不只失去森林的庇護，為了減少土砂沖進德基水庫，大甲溪上游興建了許多攔砂壩，也阻斷牠們游向上游的機會。身為寒帶的魚，無法回到低水溫的上游，就是死路。雪上加霜的是，牠們還遭到人們獵捕食用。
多重原因導致牠們數量急遽下滑，1984年，台大林曜松教授團隊調查發現，櫻花鉤吻鮭僅剩兩百多尾，而且只存在七家灣溪約5公里的溪段。
冰河孑遺的奇蹟瀕臨滅絕，雪霸國家公園展開保育行動。
當時七家灣溪兩岸有高山農業，主流與支流都有攔砂壩。為了能讓魚回到上游，2001年雪霸國家公園管理處在支流的高山溪，進行攔砂壩改善試驗。十年後，位在七家灣溪主流上的一號壩也完成改善工程。雪霸處武陵工作站主任廖林彥說明，七家灣溪的就地保育，這三十年主要是推動「退壩還水於河」和「退耕還田於林」，總共拆除了五座攔砂壩，徵收了8.1公頃的私有土地來造林，種了將近三十萬棵樹。
就地保育與移地保育同時進行，1994年雪霸處著手進行人工繁養殖復育計畫，2003年研究人員首度不需要從野外捕捉鮭魚，從人工復育的鮭魚取精取卵，做到完全養殖。(延伸閱讀：國寶魚要回家｜櫻花鉤吻鮭完全養殖的復育之路)
有了穩定的魚源，雪霸處謹慎選擇曾有文獻記載，但已經找不到鮭魚的歷史溪流，陸續送小鮭魚回到祖先曾悠游的地方。羅葉尾溪，有勝溪、司界蘭溪、南湖溪、畢祿溪等溪流都進行了放流工作，希望能建立七家灣溪之外的衛星族群。
2017年雪霸處與太魯閣國家公園管理處合作，到合歡溪上游放流。放流之前，雪霸處曾進行調查，沒有發現櫻花鉤吻鮭棲息，從2017到2019年，連續在合歡溪的五個點位進行放流。受太管處委託的生多所研究團隊會在每年夏季，前往其中兩個點位調查，發現上游的小嘆息灣數量從0逐年增加，2023年數量最多，有1294尾，2024年則調查到810尾。
生多所棲地生態組助理研究員楊正雄表示，合歡溪的族群數量明顯大幅的增加，整體的數量增加幅度可能超過七家灣溪，也是所有大甲溪上游歷史溪流中，放流最成功的。
想知道不同棲地環境對櫻花鉤吻鮭的影響，中研院團隊在合歡溪與七家灣溪等地進行研究，2022年到2023年總共選擇了32個樣點，發現合歡溪的孵化率很好，水源地有62%，太陽城溪段達到65%，而七家灣溪四號壩的樣點，孵化率58%。
研究團隊發現，影響孵化最關鍵的因子是水溫。
海拔在2500公尺以上的合歡溪，以太陽城溪段為例，鮭魚繁殖季的溪水日均溫攝氏10.39度，雖然左岸有大面積開墾，水質受農業影響，孵化率依然很好。中研院生物多樣性研究中心研究員沈聖峰說明，合歡溪的海拔高、水溫相對低，整體棲地環境優於七家灣溪，鮭魚在卵孵化時對環境要求最高。
既然合歡溪棲地環境比較好，這邊的鮭魚與其他溪流相比，有什麼不一樣呢？
同年齡的魚可能體型大小不同，研究團隊以採集的魚鱗來分析，希望精準掌握族群的年齡分布。另外，也用野外採集的魚鰭樣本，進行次世代基因體研究。抽出的DNA定序之後，解碼櫻花鉤吻鮭的DNA藍圖。中研院生物多樣性研究中心副研究員黃仁磐表示，台灣的櫻鮭跟日本的共通祖先，大概是在四萬年前開始分化的。
合歡溪鮭魚的基因歧異度高於七家灣溪
基因體資料也讓中研院研究團隊發現合歡溪的鮭魚，基因歧異度高於放流魚苗來源的七家灣溪。如果合歡溪的鮭魚是七家灣溪種原的後代，基因歧異度應該與七家灣溪的魚一樣或更低。研究團隊認為，這表示合歡溪有殘存族群，與七家灣溪的魚交配後，提高了基因歧異度。
以AI技術分析鮭魚照片的結果，與基因體分析的結論相呼應。沈聖峰研究員說明，基因歧異度越高，形態多樣性也會越高，代表這個族群比較健康。
讓研究團隊困惑的是，既然環境適合、也有殘存族群，為什麼三十年前的合歡溪找不到鮭魚？中研院生物多樣性研究中心博士後研究員詹仕凡，找到魚類學者鄭明能在1987年的調查報告。裡面提到，1950年合歡溪有很多鮭魚，1956年中橫開鑿帶來人，電魚和毒魚大量捕捉，才導致合歡溪的族群崩潰。
合歡溪是目前最好的鮭魚棲地，這裡的鮭魚也有相對高的基因歧異度，這些新發現對鮭魚保育行動的下一步，帶來什麼啟發？中研院沈聖峰研究員建議，重視這個族群的遺傳多樣性，未來要進行高海拔放流時，可以優先考慮引入合歡溪的魚，這樣放流的魚一開始就有比較高的基因歧異度。生多所助理研究員楊正雄則建議，要積極保護合歡溪櫻鮭的基因型，不能被稀釋掉，讓這個族群維持現有族群狀況，不要再有外來的基因型。(延伸閱讀：櫻鮭的歸鄉路：護持國寶魚櫻花鉤吻鮭回家)
族群數量增加與存續，還有另一個關鍵：棲地。
自然條件好的合歡溪，當年卻因為獵捕而讓鮭魚幾乎絕跡，現在當地居民與鮭魚的關係如何？太管處與雪霸處在放流後，與在地居民合作，成立了「翠華國寶魚巡守隊」。八年來，巡守隊每個月安排巡護，看著魚逐漸增加，目前水源地已經有四千多尾。
合歡溪水源地，上游沒有開發也沒有污染，水質乾淨、水溫低、深潭、淺瀨、急流、緩流都有，對鮭魚來說是極好的棲地，但仍然有隱憂。沈聖峰擔憂取水設施會影響到鮭魚，遇上枯水期，可能因為居民取水而使溪流逕流量變低，深潭變少，魚的生存空間也會減少。另外，攔砂壩會阻礙鮭魚上溯，限縮魚群之間基因交流的機會。
在水源地的下游，合歡溪的太陽城溪段，有個更難解的問題。緊鄰著溪的山坡是華岡農業區，種植蔬菜與茶葉。農藥順著山坡流向合歡溪，水質相對混濁，溪裡也長了很多藻類。
華岡鄰近福壽山農場，1957年為了安置開闢中橫的榮民而開墾，位在梨山的後山，是重要的溫帶作物生產地，有六十多年的歷史。合歡溪水源地以上的溪段屬於太魯閣國家公園管轄。如何確保棲地品質，太管處以書面回應，表示『持續加強巡查與環境維護，並關注相關人為活動對棲地的潛在影響，採取相應改善措施以確保櫻花鉤吻鮭的永續生存。』
棲地連通，才能增加鮭魚存活機會。
在合歡溪有五個鮭魚放流的點位，太陽城、木蘭橋位在國家公園範圍之外，守護棲地成為難題，而不同溪段的棲地能連通，才能增加鮭魚存活機會。
不只合歡溪中上游的棲地需要連通，大甲溪上游支流的連通也非常重要。基因資料顯示，從前合歡溪和七家灣溪的鮭魚是可以交流的。那麼為什麼這兩條溪的魚現在無法交流呢？在太魯閣國家公園跟雪霸國家公園的交界，有勝溪有一段斷流，兩岸有高山農業，還有一座攔砂壩阻隔。
讓鮭魚能順利往上游去，是幫助物種面對氣候變遷非常重要的關鍵。長期研究櫻花鉤吻鮭的清華大學榮譽退休教授曾晴賢，觀察到七家灣溪已經出現鯝魚，這是水溫上升的警訊。
氣候變遷的影響，使溫度上升之外，還有極端降雨。生多所助理研究員楊正雄表示，颱風跟洪水，確實會是直接造成折損，但鮭魚遇到颱風洪水，絕不是這30年的事情，癥結在溪流裡面的構造物，導致溪流被切割成一段一段的，如果河段是相通的，被洪水沖往下游的魚，可以想辦法慢慢回到上游。
曾進行多次放流的司界蘭溪，唯一的攔砂壩年久毀損，雪霸處認為，對鮭魚來說這是機會。2025年，再次把魚帶到司界蘭溪，選擇司界蘭溪和秀柯溪的匯流口放流。以往放流都以人力運送，每袋魚有20公斤，魚放進運魚袋後只能撐四到六小時，限制了放流點位的選擇。這次首度以直升機運送，在十五分鐘之內把魚送到人力徒步需要五小時，比從前放流點位更上游之處。雪霸處武陵工作站主任廖林彥說明，因為氣候變遷整個水溫提高，鮭魚勢必要往更高海拔的地方去。(延伸閱讀：【島在現場】櫻花鉤吻鮭首次搭飛機｜2025.09.04)
新的局勢與工具，填補櫻花鉤吻鮭研究從前的空缺，研究發現也讓保育行動能有新的依據，規劃更合宜的策略。鮭魚很努力，但溪中阻礙仍有，氣候變遷腳步未停，保育之路還有挑戰。
核稿/廖婕妤,編輯/林彤恩、林燕如
