出於善意收容海龜 飼養環境受限
在早年保育觀念不發達的年代，海龜曾經是當地居民的食物來源，而在民間信仰中，海龜又被人們尊崇為神獸，也是長壽的象徵。大義宮廟方表示，最早是漁民捕獲海龜送到大義宮，也花錢購買要被宰殺的海龜，廟方出於善念收容海龜，並從全日照的開放式半月形水池，特別打造地下珊瑚洞及水池來安置海龜。當年大義宮就如同民間海龜救傷收容中心，一旦遇到海龜受傷或生病，也會請郭仁政獸醫前來救治。由於大義宮地下室的飼養空間有限，海龜的生存環境無法再提升，近年來陸續引起爭議。
究竟澎湖大義宮養了多少隻海龜，眾說紛紜，從海保署資料，澎湖縣登記有案飼養的海龜有19隻，都是大義宮在1989年野保法施行之前就飼養的，包括有玳瑁3隻、綠蠵龜15隻、赤蠵龜1隻。30年來，陸續有11隻因病死亡，8隻存活。然而大義宮對外表示，在1989年野保法公告施行後，只有8隻海龜。
動保團體質疑廟方有以龜換龜的情形，澎湖縣農漁局回應在1997年時，確實查獲大義宮有新飼養兩隻未登記的海龜，當時查獲已將相關人員移送法辦，廟內的海龜也植入晶片造冊。
2018年11月底，台灣動物社會研究會召開記者會，除了控訴大義宮不當飼養將多隻海龜放在狹小空間，也要求大義宮公布相關資訊，到底大義宮這三十多年來養過多少隻海龜？有多少隻海龜死亡，需對外界說明。
許願池中的海龜 想自由是種渴望
在大義宮的地宮內，體型大的海龜稍一移動，鰭足很容易摩擦到池壁，對於習慣獨居生活的海龜，多隻海龜共同飼養在狹小的水池內，也是種心理壓力。而集體飼養也造成海龜之間搶食及打鬥的現象，長期缺乏日照無法補充維生素Ｄ３，更是影響到龜殼生長。
早年許多遊客會投擲硬幣等物品到海龜活動水池中，廟方增設許願池，供信眾集中投擲硬幣。2015年海洋大學研究生郭芙的碩士論文《台灣常見海龜血液中重金屬濃度(砷、鎘、鉻、銅、汞、鎳及硒)之初探》檢測大義宮海龜，發現綠蠵龜血液中「銅」和「鎳」的含量高於野生海龜，顯示大義宮水池水體中的「鎳」已經影響到海龜，使得大義宮海龜有比較高濃度的鎳，檢測結果大義宮收容池內的鎳金屬濃度高於澎湖水試所海龜飼養水池的四倍，推測與水池中的硬幣有關。廟方表示為讓海龜健康，就將許願池拆除，並限制遊客亂丟異物。
隨著保育觀念興起，民眾屢屢投訴大義宮飼養環境不佳，2017年6月14日澎湖縣農漁局在竹灣村民活動中心辦理說明會，邀請長期關注大義宮海龜的動物社會研究會，村民以及廟方展開三方對話。動保團體提出希望將海龜移地收容或評估野放，但由於廟方及村民認為飼養海龜能保佑漁民平安，因此海龜仍無法脫離圈養環境。澎湖縣府的主管機關提出大義宮改善飼養環境之後，可以採用以龜換龜的方式，讓大義宮和水試所合作輪流公開展示健康海龜，達到保育與信仰得以雙全的目的。
海龜生存環境仍惡劣 健康條件不佳
但四五年過去，大義宮雖然加裝海水循環過濾系統等，但海龜的生活空間仍是相當侷限，整體環境未獲得更好的改善。
2019年台灣動物社會研究會表示從海龜的血液檢查報告來看，八隻海龜都營養不均衡，有過胖現象，大義宮回應會改善飼養環境及飼料，並且願意將半數海龜移置戶外箱網養殖。
2022年7月19日澎湖縣農漁局發布新聞稿，大義宮通報所飼養的3隻海龜陸續死亡，進行解剖後發現，其中7月6日死亡玳瑁海龜腹甲內發現高達976顆的卵黃；剩下的兩隻海龜(1隻玳瑁1隻綠蠵龜)也交由水試所暫時照養，並對大義宮飼養環境進行水質採樣，澎湖縣府表示待相關報告完成後，將一併對外公布。
動物社會研究會認為，澎湖大義宮多年來對所飼養的海龜未能妥善照顧，早在2018年就曾指出大義宮不適當的照養，直到現在，大義宮所承諾的改善海龜圈養環境，並未做到。今年四月大義宮送3隻海龜至水試所做例行健檢，沒想到，六月底起陸續傳出留在宮內的5隻海龜，有3隻海龜死亡，剩下的2隻也送到水試所暫時照養。這次事件更突顯出搶救大義宮海龜迫在眉睫，呼籲政府應積極介入，立即沒入大義宮所飼養的海龜，讓5隻海龜能有專業照護。
【更新後續】大義宮海龜全數捐出
澎湖竹灣村大義宮因近日陸續傳出三隻海龜死亡，多年來宮內飼養環境不適當的議題再度浮上檯面。28日上午大義宮管理委員會與澎湖縣政府達成初步共識，大義宮的剩餘五隻海龜全數捐給澎湖縣政府做後續處理，未來將由專業照護海龜狀況，並進行野訓，評估野放的可能性。
【更新後續】澎湖大義宮海龜野放
經過獸醫、照養人員這段期間的照料及觀察，評估大義宮海龜的健康情形、進食、活動狀況良好，符合野放標準，考量氣候及潮汐之下，2022年11月16日下午五點在澎湖嵵裡沙灘進行野放，其中有兩隻海龜，由海保署裝設衛星定位器，希望能掌握海龜的後續狀況。
