港墘農場屬於台糖土地，二十多年前規劃六十多公頃種植樹木，樹種主要有原生種茄苳、無患子，非原生種白千層、桃花心木以及其他樹種，合計約三萬多棵。台南有虎山農場、巴克禮公園等平地造林區域，樹林底層多數光禿禿，但是港墘農場已經有蕨類等林下生態。
土地上，目前規劃綠能產業園區，但是因為六十公頃農場內，種有三萬棵左右的樹木，移樹開發引起爭議。
鄰近有機農場 農民擔心受影響
徐紫珊向台糖租地，在港墘農場旁設立有機牧場 ，種植有機農作製成飼料。擔心一旦開發，有機產業受到影響。
台南市政府在地方舉辦說明會，說明中央在沙崙農場推動沙崙智慧綠能科學城，地方就在附近港墘農場開發綠能產業園區，形成相輔相成的綠能產業鏈。
針對港墘農場生態，開發單位委託學者進行調查，沒有發現台南樹木保護自治條例內的珍貴林木，動物則紀錄到燕鴴、紅尾伯勞、大冠鷲等十種保育鳥類，但是棲地不具獨特性，開發不至於影響族群。徐紫珊表示，近一兩年森林曾發生火災及鳴放沖天炮事件，覺得調查過程中，可能已經受到干擾。
進入港墘農場樹林，有如走進一座綠色森林，森林中有人為獨居蜂做巢。樹林裡，底層地面充滿植被，甚至長滿蕨類植物，成為都市難得一見的生態。港墘農場有著多樣化生態，以獨居蜂為例，一般都市森林最多三、四種，這裡可以收集到七種獨居蜂品種，其中不乏珍稀品種。
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綠能產業園區環評審議 委員擔憂是否保有棲地功能
環評會議中，開發商說明樹木處理方式，先依照樹木大小分類，採取區內保留及近地移植，約有50％左右樹木，可獲得保留。但是環評委員關心，樹木移植後，原有棲地功能恐受到影響。環保團體則認為，台南開發工業區，密度過高，應該多保留綠地。環保署要求說明產業園區的實際產業項目，以及可能排出的污染，不能用無煙囪工業來籠統敘述。會議最後要求開發單位補件再審。
面對農場開發引發生態爭議，市政府說明，主要因為台南缺乏工業土地，所以有開發迫切性，樹木移植和生態保護，將會持續溝通。
平地造林可不可以砍除移植？台糖農場應不應該工業開發？港墘農場的綠意樹林，未來去留，取決人們如何在生態與經濟間，尋找永續環境的做法。
