近十年來，臺灣大部分的淡水沼澤被轉作為農田或是變更為建地使用，耕種型態的改變及棲地的消失，是水雉數量急遽下降的主因。水雉繁殖區的分布範圍，從過去的臺南、高雄、屏東，目前僅剩嘉南平原一帶，而以種植菱角為主的臺南官田地區，更是水雉僅有的活動區域。
現存不到五十隻的水雉集中臺南縣葫蘆埤、德元埤及火燒珠附近，是水雉最穩定的度冬區，然而計畫興建的高速鐵路281至282公里路段，正好穿越其中兩個活動的區域，這對數量已經不多的水雉來說是致命一擊。
1997年，全國十八個野鳥學會及溼地保護聯盟共同籌組了搶救水雉委員會，積極投入水雉調查研究，推動水雉保育的計畫，其中包括以每巢一萬元的獎金鼓勵農民發現並保育水雉，這個作法的確引起了農民的注意，但是真正能夠在田中發現水雉的情況還是不多。另外，每週由專職人員進行固定的定點調查以及每月透過義工的協助，進行較大範圍普查，以了解整體生態環境的變化。
1999年9月6日進行水雉普查，共發現近五十隻的水雉，除了成鳥，還發現不少剛孵出沒多久的幼鳥，然而在高鐵路線無法修改的情況下，危機依然存在，因此尋求並增闢水雉的棲地，是搶救水雉另一項重要的工作目標。
水雉有很強的眷地性，因此火燒珠的菱角田是最佳的保育地點，由於擔心土地日後會被變更成保護區而無法利用，雖然地主沈清益願意參與保育工作，對於租地的提議並不十分熱衷，經過多次協調終於取得臺糖的同意，提供位在臺南隆田附近的農地，做為水雉復育的棲地。水雉算是個稍微幸運的例子，能夠藉由人為的方式營造一個相對穩定的棲息環境，然而臺灣還有許多地方，棲地的改變與破壞，讓鳥找不到家的方向。
IBA重要野鳥棲地是由國際鳥盟推動的全球性計畫，透過國際特有鳥種界定的方式，進行生態敏感區域認定的工作，提供開發時的指標，以避免經濟開發對環境的傷害。目前在臺灣共劃了52個IBA，總面積達67萬公頃。因為濱南開發案而頗受爭議的臺南七股地區也列入其中，此地因為黑面琵鷺被炒熱以後，而劃設黑面琵鷺保護區，但是並沒有考量黑面琵鷺的生態特性，原本縣政府劃設的一千兩百多公頃，實際只有一百五十公頃，臺南縣野鳥學會薛天德描述：「只有日間棲息地，不包含覓食區域，換句話說只劃了一個客廳，沒有廚房。」他認為評定棲地的好壞及重要性，應該以整個鳥種龐雜度，不能僅針對保育鳥種，而捨棄其他鳥種。
不當的環境政策與管理，七股當地的居民也面臨與鳥類一般的困境，他們擔心一旦濱南開發案審查通過，將永久失去世代賴以為生的土地，七股潟湖豐富的生態相，可能被摧毀。七股海岸保護協會漁民陳家旺為了捍衛自己的家園，從公聽會、記者會、街頭抗爭，幾乎是無役不與，卻換來一次一次的失望，政府推動的壓力一直超越正面的回應，居民們所提出的建議對於決策的影響力仍然微弱。
東華大學環境政策研究所所長王鴻濬認為每一個開發計畫，應該建立至少面積相當的棲地來平衡，即環境資產的平衡會計帳，不要讓綠色資產上越來越少。更基本的是，應該自問：要發展到什麼地步？
王鴻濬的研究指出，彰化全縣工業區的範圍，有91%閒置，仍然開發了彰濱工業區，這些工業區在溼地一旦開發就無法回復，所以應該檢討的是工業區開發的政策，全面檢討工業區的閒置率，討論如何利用，而不是一再開發我們的島嶼，我們剩下的已然太少。
