在屏東和澎湖，一群海洋學者進行著珊瑚礁的保育工作。
中山大學海生所教授宋克義等人，在核三廠出水口建立珊瑚苗圃，研究各種提高珊瑚存活率的方法，希望能復育墾丁南灣其他受到破壞的地區。
澎湖青灣有中研院動物所研究人員陳昭倫等學者，進行珊瑚產卵和雜交實驗等研究，想要瞭解珊瑚產卵後，這些苗到底跑到哪裡去？
屏東縣國立海洋生物博物館，則自民國79年左右開始進行珊瑚的養殖和復育，並保存珊瑚的種原。
科學家們想盡辦法進行珊瑚的生態研究和人工復育實驗，而澎湖的在地人，則希望運用老祖宗的智慧，讓澎湖的海洋再現生機。「我覺得保育一定要到最基層去做，而且世界上能成功的都是跟整個社區結合。」中研院動物所副研究員鄭明修表示，珊瑚提供鐘螺、海膽、小章魚等生物依附和庇護的空間，與澎湖傳統漁業有著密不可分的關係。
除了對漁業的助益，珊瑚也是澎湖早期房屋建築和防風牆使用的建材；其死後所留下的碳酸鈣骨骼，就是所謂的咾咕石。在澎湖縣農漁業局、通樑村村長等人通力合作下，與村民們一起讓咾咕石回歸大海，為魚兒造家。
墾丁南灣海域因為泥沙沈積覆蓋率高，許多珊瑚都遭到活埋致死，國立屏東海洋生物博物館開始進行珊瑚復育，六年努力下來，海生館養了八十多種珊瑚，未來並計畫在受損區域將復育珊瑚移植恢復野外生機。
每年農曆三月珊瑚產卵，再度吸引眾人目光，學者卻發現南灣珊瑚雖然每年大量產卵，卻發現回到南灣來著苗的數量非常少，對於珊瑚自然復育不利。
目前國內學界對珊瑚移殖的技術雖然相當成熟，可是一旦遇上了環境破壞及污染的問題，再好的技術終究還是一籌莫展。對台灣珊瑚礁的前途感到悲觀，但還是在自己能力所及的範圍積極努力，是目前台灣學界普遍抱持的態度。
海底的秘密花園，會不會就此成為珊瑚的諾亞方舟，可能就在你我一念之間。
