但是光電生態指引的推出，引發部分環保團體憂慮，在19日林業保育署舉辦草案說明會議時，召開記者會表達訴求。
施政監督聯盟徐宛玲表示，光電開發需要進行政策環評，就國土計畫、生態保育，作出上位計畫，而不是透過指引，零碎式的審查開發，失去完整規劃。
彰化環保聯盟林政翰指出，生態指引的法律位階不明，指引甚至不是行政命令，質疑能夠有多大約束力。
台灣石虎保育協會陳祺忠表示，過去推動漁電共生的環社生態檢核，但是效能不彰，現今再提出農地變更光電的生態指引，恐怕也是重蹈覆轍，功能不大。
林保署表示，指引草案只是針對光電開發，涉及生態部分提供指引，不是農地變更的唯一依據，主要是加強業者的生態保育責任。
目前草案仍在預告階段，林保署預計在19日及20日召開兩場意見交流會議，邀請民間團體､能源業者及主管機關，收集各方意見，再作為草案內容修正的參考。
