藍色公路是指利用船舶載客航行於水上，功能包括是代替陸地上的交通運輸，也包含海上觀光遊覽的特性。除了目前往返於離島間的交通船外，目前所規劃的藍色公路多半以觀光休閒功能居多。
北台灣的藍色公路由淡水漁人碼頭出發，行經金山萬里等濱海航線，全程約十多海浬，沿途停靠富基漁港、野柳漁港。南部的藍色公路由高雄鳳鼻頭出發，中途停靠小琉球，終點在屏東車城的海口港。另外2003年也有業者雄心壯志地推出由基隆行經蘇澳再到花蓮的跨縣市東部航線。
一時之間似乎藍色公路的規劃成了熱門的旅遊路線。但是檢視目前幾條藍色公路的發展，營運狀況似乎都不如預期。北台灣部分，雖然淡水漁人碼頭一到假日，還是有許多民眾搭船出海遊玩，但目前規劃的航程只是載著遊客出海繞一圈大約五十分鐘的航程，很少人會到富基野柳等地。南部的藍色公路載客狀況更是門可羅雀，航班不斷縮減。至於跨縣市的東部藍色公路營運不到半年就已經黯然停航。
台灣的藍色公路發展問題何在？業者指出，每年十一月到三月，在東北季風吹襲下，海面波濤洶湧，根本不適合航運載客，業者要負擔的成本相對增加。而在法令上，缺乏對海洋事務管理的統合性，像是藍色公路的發展，就隸屬於好幾個單位。船舶航線隸屬交通部航政司、海上休閒是觀光局在推動、漁船轉為娛樂用途要歸農委會漁業署審核、各地方縣市政府管港口、再談到海岸安全又是海巡署的業務，不同單位以不同思維來看藍色公路，法令又互相牽制約束，難怪藍色公路發展起來常是虎頭蛇尾，雜亂無章。
另外在人民的心理上，台灣人對海本來就存在著又親近又疏離的矛盾關係。中山大學海洋環境工程系教授邱文彥認為，戒嚴五十年，海岸線五百公尺內都是禁地，影響了民眾的親水性。而主管觀光的交通部觀光局檢討，認為目前台灣藍色公路的船隻大部分是漁船改裝，設備不夠精緻、行程也未能充分突顯特色，未來應該還要加強解說人員的素質並且針對各地不同特色規劃行程。
搭船出海，從海上看台灣，可以看到與陸上完全不同的景緻與不同的感動，台灣擁有得天獨厚的海洋資源，但是藍色公路、海上觀光休閒的發展，不是一蹴可幾，政府應該要儘快統合海洋事務的處理，並且審慎評估發展方向，別讓「海洋立國」淪為口號式宣傳。
