2006年9月一份新竹科學園區空氣污染物的採樣報告指出，二期高翠路上的氫氟酸（HF）周界濃度超過空氣污染物12ppm的排放標準值，人體若長期暴露在此含氟的環境下，將對腎臟及肝臟造成危害。
該區居民洪勝夫表示，他們所居住的社區面對至少20幾座IC廠，密度比美國矽谷還要高，卻只有20-25米的隔離帶。冬天時雙溪的居民是工廠廢氣的受害者，到了夏天風就開始吹向他們的社區。
美國矽谷每一家IC廠商都會上網公告所排放的有毒廢棄物的種類及排放量，也規定1,000英呎（相當於304.8米）內不得有學校、醫院和住宅區的設置。而新竹園區科管局的回應卻是目前針對隔離帶沒有明確的規定，面對空污問題以及科管局的消極應付，居民也只能對著工廠築起高牆。
除了環保問題，不夠在地化，也普遍是新竹人對園區的責難。依據清華大學社會學研究所教授李丁讚的觀察，園區很少真正想要跨出大門跟社區互動，他們認為新竹是窮鄉僻壤，是工作的地方，要消費就到台北，甚至赴美度假。
「好的經濟發展，應該在一個文化基礎上來進行，會比較長久。」李丁讚表示。企業應該去經營園區外部的環境，員工才會有很好的休閒居住、消費環境，才會更心無旁鶩地處理公司的業務。
園區帶給新竹市經濟的繁榮，但也帶來環保、交通等問題。園區與園區外的居民是為共同體，對現存的問題是否繼續漠視或積極面對，是經濟發展以外的另一層思考。
