知本濕地是台東縣政府縣有地，也是卑南族卡大地布部落的傳統領域，依據《原住民族基本法》第21條，想在這裡進行土地開發，應該進行諮商並取得部落同意，2019年6月1日，部落以一戶一票進行諮商同意投票，最後以187票贊成、173票反對，14票之差同意光電開發，而廠商也於今年(2020)二月取得電業籌設許可。
雖然開發案看似箭在弦上，但爭議仍沒有解決。依照原住民族委員會解釋，只要在「實質開發」前進行諮商同意程序，都算是符合《原住民族基本法》的要求。然而部分族人認為，縣府在招標後才交由廠商來進行諮商同意程序，而非招標前就來諮商，對部落不夠尊重。
除了傳統領域議題，知本濕地同時也是生態熱點。台東縣政府2013年就曾委託中華鳥會進行濕地資源調查，發現有許多保育類生物在此活動，包括環頸雉、黃鸝、燕鴴、黑翅鳶等。依據荒野保護協會、台東縣野鳥學會與台東大學等團體近年持續的調查紀錄，知本濕地的沒口湖水域、草澤濕地、灌叢、海岸沙灘等多樣化棲地，共吸引高達一百六十種鳥類棲息，其中有四十種以上屬於保育類。
荒野保護協會台東分會議題組組長蘇雅婷認為，綠能雖然對環境影響較小，但知本濕地之所以生態豐富，是因為它是維持原始舊河道面貌的河床地。一旦進行整地，即使廠商承諾二十年租約到期後，會恢復原狀，也將對台東火刺木、琉球野薔薇等原生植物，造成不可回復的影響，因此呼籲行政院與經濟部，應該共同協助台東縣政府進行協調，在台東縣內另尋生態敏感性較低的地點開發，為知本光電爭議解套。
生態豐富的知本濕地，因為不屬於國家重要濕地，不須進行環境影響評估，然而許多非國家重要濕地仍是生態熱點，桃園埤塘也是這樣的例子。桃園市政府曾在2017年推動「千塘之鄉埤塘光電綠能計畫」，預計三年內要在一百六十多口埤塘設置光電，但在初期八口埤塘陸續動工後，桃園市野鳥學會卻發現，原本會在埤塘活動的候鳥鳳頭潛鴨、留鳥小鷿鷈等需要深水環境的物種，全數消失。
桃園市野鳥學會榮譽理事長吳豫州認為，原因之一很可能是農委會在2018年發布的「農田水利會灌溉蓄水池設置太陽光電設施管理原則」，其中一項規定是，光電板設置總面積不能超過滿水位50%，業者為符合經濟效益，自然會傾向選擇面積大的埤塘來設置，但生性敏感的雁鴨科候鳥，也偏好較不受到干擾的大面積埤塘，最終導致鳥兒不再來。
幸好在2018年，桃園市政府聽取桃園鳥會的建議，在原先預計設置光電的166口埤塘中，先排除120口屬於國家重要濕地的埤塘，其餘46口，則由鳥會再進行深入調查，最後建議其中19口有鳳頭潛鴨與小鷿鷈等鳥類活動的埤塘，不應設置光電。吳豫州強調，這僅是鳥會從生態角度出發所做的建議，沒有關鍵物種活動的埤塘，也可能具備景觀或文化價值，若想設置光電，仍須與當地居民溝通。
有鑑於近年地面型光電屢屢引發選址不當疑慮，經濟部今年即將開始試辦環境與社會檢核機制，希望藉由中央部會與地方政府合作，先盤點出相對較無疑慮的區位，接著業者透過自評表，檢視這些區位中，還有哪些需要解決的課題，並提出因應對策，最後在申請電業籌設許可階段，由經濟部同時進行環社檢核審查。
地球公民基金會主任李翰林提醒，環社檢核要成功的關鍵，在於公民參與及資訊公開，或許可以設置類似環評書件查詢系統的平台，方便關心議題的民眾查詢，後續經濟部如果要擬訂細部操作程序，包括資訊公布在何處、怎樣找到利害關係人，都要寫清楚，讓地方政府有所依循。
李翰林也建議，推動環社檢核機制外，對於像是知本光電這樣已經在審查階段又具爭議性的案件，主管機關也應該先踩剎車，思考是否能有什麼轉圜措施：「畢竟知本不是個案，它會影響全台灣能源轉型的進程，跟民眾對整個光電政策的信賴。」
政府希望2025年地面型光電總設置量要達到14GW，但在「綠色衝突」頻傳的情況下，截至2019年底僅達成791MW，減碳行動固然刻不容緩，還是必須停、看、聽，能源轉型之路才能順利往前走。
