從2015年開始動態測試以來，住在這個區域的三重居民，每天都會受到機捷噪音干擾。今年正式通車以後，情況越來越嚴峻，從清晨四點多發出第一班巡軌列車之後，早上六點到晚上十二點，平均每個整點各有8個班次從南北對開，現在不到5分鐘就有一列列車呼嘯而過，沿線居民苦不堪言。
新北市三重區居民張小姐抱怨，列車半夜12點多還在跑，隔天早上不到5點又開始發車，真正能睡覺的時間只有3、4個小時，誰受得了。楊先生說家裡年紀比較大的長輩，都要吃安眠藥才能睡著，年輕人更慘，白天要上班，晚上不能好好休息，很多住戶都搬走了。三重區成功里里長陳世宗表示，附近都是大樓建築，受機捷噪音影響的將近1千戶，大家沒有享受到先受其害。
從現場行車情況來看，列車一進入隔音牆內噪音立即明顯放大，居民認為隔音板數量太少，整座隧道幾乎都是透明的遮光板，才沒有發揮消音功能，懷疑施工設計大有問題。在正式通車之前，三重居民多次跟相關單位陳情，但一直沒有獲得改善，得到的回覆都是經檢測合乎噪音管制標準，讓大家氣憤不已。
交通部高鐵局副總工程司饒國政表示，這個區域是住宅區屬於第二類噪音管制區，經新北市政府環保局量測，每小時的平均音量大概在70分貝左右，並沒有超過管制標準。
投入改善噪音公害多年的張豐年醫師來到現場測量，幾乎每次列車經過的瞬間都會超過80分貝，最高瞬間曾測到85分貝，但依每小時平均下來並不會超過。張豐年醫師強調，一般人無法忍受80分貝噪音的來回干擾，目前每小時平均音量的上限高達80分貝，實在太寬鬆。
張豐年醫師說，噪音每小時平均音量的上限值，跟日本約有10分貝的落差，事實上真正音壓的差距是10比1，他建議環保署應加嚴管制標準，才能合乎百姓的要求。
在三重區居民的抗爭下，高鐵局向居民道歉並提出改善方案。高鐵局副總工程司饒國政表示，經過實測認為噪音來源是鋼輪磨鋼軌，首先將把外側靠近淡水河的隔音牆拆除，靠三重這一側的隔音牆因為還是在曲線段，將延長50公尺。另外也協調桃園捷運公司，讓一大早的巡軌車和晚上十一點以後的班次，在通過這一段大轉彎區域時以低速來通過。
現行噪音管制法除了管理一般全頻式噪音，從2005年開始也逐步修法，針對營業、娛樂場所和營建工程的低頻噪音進行管制，但是在交通的低頻噪音部分，一直還沒有修法。
依據環保署委託進行的路外實測報告，捷運低頻噪音測值分布在51.6至69.8分貝，各種鐵路交通是58.2到70分貝，都高於現行低頻噪音的管制標準，特別是在隧道口附近的測點，都有明顯的低頻噪音及超低頻噪音。
由於低頻噪音的聲波長，一般建築物沒有辦法有效阻隔或反射，這也是三重區居民的房子，即使已經距離機捷軌道超過兩百公尺遠，仍深受噪音之苦的原因。
張豐年醫師表示，三重區機捷的噪音大部分是低頻噪音，傳遞的範圍廣，但是在噪音監測裡被忽視，這也是監測值沒有辦法反映居民感受的原因之一，有重新檢視修正的必要。
