政府積極推動自由經濟貿易區，選定智慧物流、國際健康、金融服務、教育創新和農業加值，做為示範創新項目。其中在農業加值上，希望運用國外充足、低價的原料，結合契作國產安全優質原料、關鍵產製技術與農業研發能量等優勢，推動產業加值發展。國發會同時舉辦多場說明會，在提升產業多元加值上，以觀賞魚產業為例，說明推動自經區，對農業加值的好處。
台灣的錦鯉養殖，是重要的觀賞魚產業，極具外銷潛力。來到專門培育錦鯉的養殖魚場，業者說明傳統錦鯉的養殖環境，依照魚類年齡，進行分池飼養。由於錦鯉養殖發源於日本，許多分類與鑑賞評價方式，都是採取日本標準，分出不同花色、品系的魚種。
政府將屏東農業生技園區，劃設為自經區，許多錦鯉養殖業者陸續進入園區，整理廠房，作為高級種魚的展示與銷售空間。養殖業者表示，未來會以「前店後廠」的概念，推展魚種銷售、技術服務等業務，另外也可以進行整合，形成產業聚落。
在提升農產加工、加值上，政府鼓勵加工業者進入自經區，並開放農產品原料進口免關稅，吸引加工業者投資。目前因為中國遊客的喜好，台灣鳳梨酥產業一枝獨秀，政府因此以鳳梨酥為例，說明加工廠商進入自經區後，能創造產品更高利益。
當外界認為鳳梨酥加工業者大賺，種植端也應該相對獲益，農民卻是滿腹苦水。因為今年的契作收成，加工業者以過熟為由，不斷退貨，造成農民損失。未來自經區若成立，一旦加工業者從國外進口原料，台灣農民可能根本賺不到錢。
面對政府在自經區開放農產品原料進口，大樹區農會擔心，當地以生產多樣水果聞名，一旦開放進口，勢必造成取代效應，農會與農民都將受害。學術界與農民團體也舉辦記者會，擔心自經區開放進口原料，將重創台灣農業體系。另外在自經區以進口國外原料生產的產品，能否掛名台灣製造品牌行銷國際，也引發極大爭議。
在中部地區，台灣花生進入收成時刻，農委會總是對外宣稱，台灣花生以鮮食為主，極少加工，不會產生衝擊。但是花生農相當不認同，表示台灣花生很多進入加工，並創造產值。面對大環境巨變，台灣的小農體系，根本不知如何應對，擔心新一波的農產品開放，只會加速台灣小農的消失。
政府為了讓自經區法治化，提出自由經濟示範區特別條例，全文共計73條，送交立法院審查。其中有關農業加值部分，約有10多項相關條文，涉及開放原料進口、關稅減免等事項。其中擴大開放各縣市申設自經區，更讓學者憂心，會引發另一波農地破壞危機。
面對政府積極推動自經區計畫，長期關心農業的台灣農村陣線，呼籲政府應該先刪除農業加值部分的相關條文，在各地進行公聽會和慎密規劃後，再來推動。
一項自經區計畫，政府視為解救經濟的良方，但是民間卻處處充滿疑慮。從開放原料進口到使用台灣品牌，一旦評估錯誤、貿然開放，將可能成為壓垮農民的最後一根稻草。
