監督施政聯盟執行長許心欣批評，廢清法才剛三讀修正通過，營建剩餘土石方要納入全國一致的嚴格管理。台中港務分公司訂出作業規則計畫收容中部五縣市廢土，台中市政府也訂廢土進台中港的作業要點，用低階的行政規則，就直接決定1400萬方的廢土去向，未經過環評與環保機關管理，是架空環評法與廢清法，認為應該立即廢止這兩份缺乏法律授權的作業要點，所有土方入港填海都必須依法環評。
彰化縣環保聯盟林政翰則表示，營建剩餘土石方容易被混入裝潢廢棄物、石棉、含鉛油漆碎屑等，甚至有可能被夾帶事業廢棄物。作業要點只有要求供土方出具檢測報告，沒有進場複檢的管制，呼籲應比照台北港設有檢測儀器進行抽檢，若土方有問題就全車退回，且不再收受該來源的土方。另外計畫回填的再生粒料，如果回填對環境危害風險較高的焚化爐底渣，底渣進入高鹽分的大海，會加速重金屬的解離及溶出。
荒野保護協會副理事長廖梅雅為瀕危的台灣白海豚發聲，指出台灣白海豚是全球瀕危的族群，台中港外圍已有多次目擊紀錄，沒有經過環評就將土方填海，會直接衝擊白海豚可利用的棲地範圍，回填的土方是否會對海洋生態造成不可逆的影響，也都需要長期評估。(延伸閱讀》被填海的日子：台中港與台灣白海豚)
大地心環境關懷協會執行長徐宛鈴表示，去年台中市國土功能分區送到內政部審議，會議上就強調應該依照國土計畫法劃設原則，將白海豚重要棲息環境劃為「海洋保育區第一類」，但台中市政府表示需透過都市計畫通盤檢討才能處理，今年一月時台中港特定區第四次通盤檢討公展及說明會上，又再度表達白海豚重要棲息環境棲地應劃出台中港特定區，卻一直沒有下文。如今卻計畫將大量廢土填入台中港，加速瀕危白海豚滅絕。
針對行政院啟動國家級填海造陸計畫，環團憂心影響白海豚生態，台中市府都發局則是回應台中港港埠專區主管機關為交通部航港局及台灣港務公司，環評審查則是由環境部負責，台中市府尊重中央的專業評估。
