高鐵300公里的時速，再靈敏的動物，都閃避不及，因為設施特性，地面動物不容易穿越軌道，但是能飛翔的鳥類，卻常常成為輪下亡魂。
許多關心野生動物的朋友，三年前在臉書成立高鐵鳥擊事件簿，邀請搭高鐵的朋友，拍下車頭血跡，上傳臉書，希望透過資料的累積，釐清鳥擊現象，作為改善策略的基礎，目前累積了一千多位社員。吳銘，是其中最活躍的一位。他經常去台南六甲現場觀察。這裡的環境，有稻田、樹林、水塘，鳥類數量多，很容易在高架橋梁下方，找到鳥擊屍體。
吳銘觀察到，屍體會孳生隱翅蟲等，衍生環境衛生問題，也常有野狗跑來撿拾掉落軌道的鳥屍，還可能引來猛禽進入軌道，增加風險。但從2007年到現在，到底有多少鳥類因此死亡，並沒有確切數字。
鳥類喜歡停棲在高鐵旁的電線上，列車一來容易因驚慌亂飛而遭撞。也因為鳥類的活動習性，通常清晨與黃昏是鳥擊高峰，熱點也通常在軌道附近適合鳥類過夜的地點。
根據高鐵公布統計，2007年通車時，平均每班車鳥擊數是10隻，2013年已經降到平均每班車0.35隻，高鐵公司表示鳥類有學習天分，鳥擊現象趨於穩定，但實際情形還需要多觀察。特生中心研究員林德恩就表示，每天班次多，中午時段鳥擊幾乎是零，用很多零去稀釋密度很高的那班，數字就不一定精確了。
志工的努力，熱點與高峰期都浮現了，接著該思考的是怎麼改善，高鐵局表示暫無具體改善計畫。死亡的鳥類以非保育類的紅鳩、麻雀居多，得不到重視。
同樣受到高鐵影響的二級保育類水雉，命運就很不一樣…
台南官田，目前是國內水雉最多的地方，但十多年前全台數量不到50隻，岌岌可危，而高鐵281k到283k路段，穿越了水雉生態熱點-葫蘆埤，依當年環評結論，必須進行棲地補償，高鐵局在葫蘆埤南方兩公里，租下了15公頃的台糖農地，2000年由中華鳥會與台灣濕盟執行棲地營造與復育計畫。十多年來克服了水源問題，旱田變成溼地，打造安全棲地，水雉數量從五十幾隻增加到五百多隻。
好不容易水雉數量增加了，但是為了覓食，會到附近農田活動，近幾年卻發生嚴重的死亡事件。官田地區耕種兩期，一期稻米，一期菱角，每年十二月中旬，部分農民會採用直播法來揭開稻作序幕。為了避免鳥害，會先把稻穀浸過農藥再撒，這些稻穀卻成了野生動物的毒藥。
參考台南市政府提供的資料，目前已發現272隻水雉中毒死亡，對水雉復育計畫，是很大的打擊。除了水雉，彩鷸、紅鳩等鳥類也傷亡慘重，中毒現象急需改善。
2011年，林務局與慈心基金會共同推動綠色保育計畫，希望農民以無毒耕種方式，為野生動物留下一線生機。消費者也可透過綠保標章，確認農產品來自無毒的田園。但無毒耕種的人力成本高，有機資材也較貴，加上通路不普遍，運作起來很辛苦。官田地區300 公頃的菱角田，參加綠保的只有9.8公頃，目前朝向集中化發展。
種菱角，從播種到收割全部要人力，近年來，持續種植的農民越來越少，菱農老化，能不能吸引年輕人回來，是當前的大考驗。
在官田菱角產業面臨問題之際，因為高鐵而產生的水雉生態教育園區，當下擔負的是更重要的責任。
水雉生態教育園區黃忻怡表示，萬一外面環境不好，起碼還有園區作為庇護站，但畢竟15公頃能容納的水雉有限，期望藉由這個地方的故事，鼓勵周圍農友，朝安全無毒的方向來耕種。
園區每年營運經費需要五百萬元，由高鐵、林務局、台南市政府分擔，高鐵主要負責土地租金，每年一百多萬，高鐵的財務危機，會不會影響園區經營，工作人員是擔心的。高鐵回應，目前為止已投入2950萬資金，無論財務狀況如何，關懷土地的理念不會改變。
雖然高鐵的當前危機重重，生態面的衝擊，卻不能不面對，這是一份對生命的態度，是企業必須積極處理的社會責任。
