台南市環保局表示11月2日接獲民眾通報後，隔天就去到現場，發現當地有整地及覆土跡象，採集土壤樣品進行毒性特性溶出程序(TCLP)檢測。11月6日與環境部環境管理署陸續開挖13處，深度約4公尺，其中有5處有被埋入營建混合物及裝潢廢料等，除了再次採樣送驗，也清查現場可辨識的廢棄物來源、調閱周邊監視器，追查進出車輛及清運流向。
關心此議題的台灣水資源保育聯盟、台南市環境保護聯盟以及台南市龜重溪護溪協會，也同步在開挖處看見類似爐碴等廢棄物，採集土壤及黑泥樣本，委託台南社大研究發展學會使用XRF儀器檢測，檢測結果今天出爐，在採集樣本中驗出，銅、鋅、汞、鉛、鎘、鉻、鎳等物質，超過土壤污染管制標準，更驗出非自然背景中存在的銻、錫、鉍、金、鉬等。環保團體認為這些廢棄物具有明顯的高科技及電子廢棄物的成分指紋，現場呈現卻是黑泥、石塊和土石混雜，明顯經過中繼處理場調配後，以逃避查緝。
對於環團與居民的擔憂，台南市環保局副局長陳幸芬與台南市議員李宗翰，到十多年來持續反對掩埋場興建的嶺南里進行說明，陳副局長表示政府機關需要使用標準的TCLP程序來做檢驗，目前土壤表土與深兩米處皆有採樣，檢測結果預計將會在下週一完成。
長期追蹤廢棄物污染的紀錄片導演黃淑梅質疑，過去廢棄物傾倒的案件如：馬頭山事件，表面為一般廢棄物來掩蓋底層有害事業廢棄物的情形，認為環保局應開挖至原土層，以釐清是否有污染物藏於地底深處。對此，陳副局長回應若有檢測到相關的重金屬污染，將會再做多個樣區的土壤採樣並用最嚴格的標準來做開挖；若有進一步的污染風險時，台南市環保局也會即刻採取覆蓋措施，避免雨水導致污染物溢流；而清理計畫則會向檢察單位確認有無保全證據需求，與查清行為人後進行，必要時環保局將先代為清理再向行為人求償。
自來水公司日前也發布新聞稿，說明經過全面清查與水質監測，目前烏山頭水庫水質均符合各項飲用水水源水質標準，未受到外部土地整地或任何環境因素影響。但曾率領嶺南村反對掩埋場抗爭十年的總幹事陳顯茂回應，過去掩埋場環評時皆證實地下水最終會向烏山頭水庫流去，因此即使目前水質仍在標準之內，但仍希望未來的子孫能喝到安全無虞的水源，因此呼籲各界重視此次的廢棄物污染。
台灣水資源保育聯盟、台南市環境保護聯盟以及台南市龜重溪護溪協會共同發布新聞稿，提出三大訴求：要求中央與地方要依照《廢清法 》第46條，利用重金屬指紋，全面溯源追查犯罪鏈、環保局檢驗報告應在一週內完整公開，避免黑箱、即刻要求行為人及地主覆蓋防滲帆布，全數開挖清運。
