民國七十年代，保護海岸的呼聲興起，內政部指派專家學者進行調查，在全台灣畫設了12處沿海自然保護區，包括淡水河口 北海岸 東北角 蘇花以及花東沿海自然保護區等等，其中花蓮溪口嶺頂沙丘往南大約三公里的海岸，也劃入自然保護區的範圍。
由於台灣沿海自然保護計畫只是行政函示，沒有法源依據和強制力，保育人士都冀望海岸管理法通過後，包含嶺頂在內的沿海自然保護區能有更完善的規劃。2015年海岸管理法公告實施，但嶺頂沙丘卻依然命運多舛，民宿、餐廳、沙灘車陸續進駐。2023年保育人士發現，嶺頂沙丘鄰近海域的一塊土地開始動工，有業者準備在這裡興建大型民宿，各界人士對此提出疑問。
距離海岸這麼近？可能有的風險
這裡原本被劃為花東沿海自然保護區，土地被編定為生態保護用地，但因為海岸法公告後，未被劃入海岸保護區，因此花蓮縣府在2020年同意地主申請變更為建地。然而環團認為建築物距離海岸不到一百公尺，就坐落在花蓮溪出海口，是否能抵擋颱風、海嘯的威脅。花蓮溪口的豐富生態也是每年吸引候鳥前來度冬報到，未來也可能受到衝擊。
民宿就位在國家重要濕地旁，不用做環評嗎？
環評法第20條，距離重要濕地或是開發基地邊界與濕地邊界的直線距離500公尺內興建旅館或觀光旅館，依法應做環評，但民宿不在此限。環團指出業者是「假民宿真旅館」，規避環評。花蓮縣府則回應這棟建物，1-3樓是餐廳，4樓是做民宿，並未超過《民宿管理辦法》的規定，已合法核發建照。(相關新聞：花蓮溪出海口濕地附近現民宿 環團憂衝擊環境、縣府稱合法)
海岸管理法上路，無法保護嶺頂沙丘?
《海岸法》上路後，分兩階段劃設海岸保護區，目前已經公告的海岸保護區是根據《文資法》、《野保法》、《濕地法》等十五項既有法令已經劃定好，與海岸地區重疊的部分來劃設，不包含當年內政部所劃設的沿海自然保護區。而第二階段沒被其他法令涵蓋，但有潛力被劃設的海岸保護區，直到現在都沒有公告，像這次開發區域就處在這樣的尷尬地帶。
2025年6月，嶺頂海岸的民宿水泥結構接近完工，保育人士再度提出質疑，如此巨大的量體，真的只是作民宿使用嗎？
海岸管理法通過至今將近十年，第二階段的海岸保護區遲遲沒有下文，嶺頂沙丘的開發突顯政府態度的消極，以及法規的缺漏。(延伸閱讀：嶺頂沙丘 海岸的保育失地？｜海岸管理法為何無法保護它？)
