秋行軍蟲源自南美洲，2019年6月在台灣現蹤，擁有強大的繁殖力和堅韌的生命力，最嚴重的，是對禾本科作物，包含玉米、高粱等，造成產量威脅。秋行軍蟲入侵後，沒有任何縣市倖免，目前已有一萬九千多公頃的作物面積，發生蟲害，當中又以雲嘉南地區的大面積玉米田，成為最大的溫床。
農委會防檢局表示，因為秋行軍蟲已經在台灣成功拓殖，再加上還有可能從境外移入，為了阻止疫情快速擴散，擬定三階段緊急防疫策略，先前第一階段以防堵為主，只要發現幼蟲的農田，採取焚燒或掩埋，強制銷毀作物，從2019年6月17日起，因在本島發現成蟲，即刻啟動第二階段強制噴藥的防治作為，並持續監測與試驗，未來則視狀況進入第三階段的自主管理。
認清頭頂的倒Y字型頭縫線，體節末端的四個黑點，當有農民向區公所通報，疑似發現秋行軍蟲，台南市農業局經比對，發現是新的受害區域，台南區農業改良場助理研究員黃秀雯，就會趕往現場鑑定一旦確認是秋行軍蟲害，農民就可以透過地方政府，申請最多四次藥劑和一次施藥工資費用。
目前防檢局參考國外研究，公告十一種針對秋行軍蟲害的推薦用藥，各地農改場也與地方農會共同舉辦秋行軍蟲防治講習會，試圖推廣緊急用藥種類，與正確使用方式。
不過有農藥商認為，每種藥劑的稀釋倍數與作用機制不盡相同，各縣市執行藥劑購買與補助的次序也不一樣，如果發藥或賣藥當下，沒有跟農民詳細說明或農民使用不當，還是會讓藥劑失去應有的防治效果。也有農民擔憂，一旦藥劑使用過量，對他們的身體健康和作物食品安全，都可能帶來負面影響。農試所助理研究員江明耀則建議，未來必須注意定期輪用不同種類的藥劑，才能避免抗藥性問題發生。
在花蓮縣光復鄉的食用玉米田，文化大學森林系助理教授謝佳宏，與花蓮農改場、花蓮糖廠，正共同進行一場田間試驗。
紙片上，一粒粒如胡椒般的外米綴蛾卵，實際上已經被赤眼卵蜂寄生，一旦赤眼卵蜂順利誕生，就有機會將卵再產入秋行軍蟲的卵塊，阻止秋行軍蟲幼蟲孵化。
不過赤眼卵蜂既然會寄生在秋行軍蟲卵塊上，對其他昆蟲是否也會造成衝擊？謝佳宏認為影響有限，目前的田間試驗中，也並未觀察到赤眼卵蜂攻擊其他益蟲的現象。
初步排除赤眼卵蜂防治法對生態系造成的威脅，緊接著要做的，是確認試驗後的結果，和做法是否符合經濟效益。然而赤眼卵蜂以往用於抑制玉米螟與甘蔗螟蟲，如今秋行軍蟲卵塊型式不同，究竟能否奏效？還需更長期的觀察。
找出各種蟲害防治策略，是政府與民間共同努力的課題。台灣大學昆蟲學系名譽教授楊平世建議，農政單位必須做更深入的研究，加強對秋行軍蟲的了解，才能研擬出真正有效的防治策略。而在貿易自由化與國際化的時代，入侵種問題未來勢必日漸增加，相較於提出緊急防治策略，如何長期抗戰，將更值得思考。
