台東知本溪和射馬干溪之間，一塊河口溢流的洪泛區域，知本濕地面積廣達1000多公頃。後來因為修堤築圳，水源減少，加上出海口堵塞變動，現在面積剩下約200多公頃。
這裡的生態豐富，本土留鳥有羽色美麗的黃鸝、捕魚為生的翠鳥、漫步草原的環頸雉，還有空中遨翔的遊隼等等，遷徙鳥類曾經有東方白鸛的度冬紀錄。整片濕地因為有淡水水源，有助植物與生物生存。
早期，知本濕地屬於卑南族卡大地布部落的傳統領域，卑南族祖先由台東海岸登陸後，一路遷徙，其中卡大地布部落來到當時混合草原與沼澤的濕地區域，定居下來，成為土地的主人。
國民政府來台後，以開發河口新生地為由，強占土地，並在1983年推動觀光計畫，將土地標租出去，進行整地開發。打造台東迪士尼的計畫，終究沒有實現，但是濕地區域已遭破壞，甚至成為垃圾棄置場，草叢間可以發現一堆堆建築廢棄物和家庭垃圾。
現今濕地上，外圍區域有果園、農地，內部區域有一群放牧人，半世紀前從台灣西部移民台東，三十年來開始放牧牛羊。林先生在濕地附近砍草，載回養牛地。因為濕地環境好，提供牲畜足夠草料，牛羊糞便又成為土地肥料，只要不過度畜養，已經可以發展成畜牧與生態共生的自由放牧型農業。
為了保護知本濕地，荒野保護協會台東分會和台東野鳥學會，常舉辦賞鳥活動或講座，讓人們認識知本濕地。生態學者趙仁方表示，花東有著廣大農業平原，但在高度發展下，濕地環境其實不多，因此知本濕地提供重要的棲息環境。
2016年，台東縣政府計畫將知本濕地，作為太陽能光電園區，2017年計畫出爐，規劃將154公頃土地，以出租方式，招商來設置光電園區。由於土地過去已標租給捷地爾公司開發，外界質疑將會有爭議，台東縣政府是不是要先賠錢，才能再開發。對此台東縣財政處副處長吳俊璋強調，目前一審是縣政府勝訴，不須賠償，在土地上是完全沒有爭議。
在生態爭議上，台東縣政府強調，不會開發70多公頃的濱海濕地，但是生態團體指出，開發的草澤區，就是知本濕地的特色，也是動植物生態豐富的地方。政府與生態團體認知存在的差異在於，生態團體認定河口淹沒區是珍貴生態濕地，政府卻始終覺得這是一塊未開發的荒地。
在開發程序上，因為知本濕地沒有國家濕地身分，因此無需環評，就可開發。環境團體指出，台東冬季常發生河口風沙，沙塵吹起，遮蔽天空，可能影響發電效率。
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卡大地布部落，過去曾因為祖先墓地，被政府收回建設公園，長期抗爭，最後獲得共管承諾。現今知本濕地的傳統領域，又將開發成光電園區，部落族人發起守護傳統領域行動，宣告捍衛部落土地。
目前的知本光電園區開發計畫，地方政府已經準備招商，由於國有地長期閒置，再開發利用必須行政院同意，中央政府如果同意開發計畫，依法還需要進行諮商，尊重部落決議。台東縣政府說明，一旦招商完成，計畫明朗，有更多的生態保護和回饋經費，應該可以讓部落族人接受。
卡大地布部落主席林金德表示，歷經許多土地抗爭，部落自主意識強烈，並不希望土地都被開發。知本濕地是一個重要的溫泉觀光區，如果從觀光多元化的角度思考，有溫泉、有濕地，可以提供遊客更多的旅遊選擇。
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台灣綠能計畫的推動，太陽能光電園區進入濕地，已經在西部引發爭議，台東知本濕地成為東部第一個光電園區，也是面積最大的光電場，讓人思考為保護環境而生的綠能，最後該不該以犧牲環境，來達成目的。
