對於居民來說，導致淹水最直接的原因是防洪排水設施的問題。在雲林口湖鄉，居民氣憤地指出，羊稠厝大排水防洪閘門六個有三個壞掉，居民向鄉公所反映，鄉公所說沒經費推給縣政府，一拖就拖了四、五個月，等到大水來時已經來不及。
在嘉義圍潭，村長莊讚芬表示，為了阻擋高處的水流進村子，在省府時期便在村莊四周圍起一整圈防水堤防，但堤防做了抽水站卻沒做，導致村內的積水完全無法排出。在口湖鄉下箔仔寮，海平面比內陸還要一兩公尺以上，全村的排水只倚靠一座抽水站，大水一來將抽水站淹沒，抽水機還來不及抽水就被淹壞了。實際走訪雲嘉沿海一帶，可以發現大區域的排水水位比內陸還要高，小排中排的水根本流不進大排。許多村莊的排水設施，僅僅是倚靠一兩座抽水站或排水防洪閘門，一旦抽水站或排水閘門維護管理出問題，外圍的洪水便整個灌進村落。
水利署長陳伸賢表示，縣市政府所管轄的區域排水工程進度落後，至今完成率只有30%，加上維護管理不良，是逢雨必淹的主要原因。民國91年以前，中央政府每年以專款專用方式補助縣市政府進行區域排水的治理，民國91年以財政劃分方式改變，統籌分配款直接撥給縣市政府，而縣市政府並未把錢用在水患治理，而是花在看得到明顯成績的其他建設上。陳伸賢說，民國92年以後，中央政府每年只保留十億補助全台灣23個縣市的縣管區排，但是一個區排的系統要完成就要三、四億，每個縣市一年頂多分到五六千萬，變成每年一小段一小段的做，以致整治效果無法發揮。面對區域排水工程進度落後，水利署今年三月提出八年八百億的治水計畫，依照淹水嚴重程度以及地方政府願意出錢進行土地徵收的意願作為先後依據，整治106條縣管區排。
然而，沿海地區淹水由來已久，水利工程只是治標，根本的癥結在於產業政策與國土利用。為了支撐沿海的養殖漁業與農業，台灣每年超抽的地下水高達30多億公噸，相當於全國所有水庫容量的總和。而非法的水井估計在十七萬口以上，不僅供給漁塭用水，農田的灌溉水源也倚靠地下水井。地下水是農漁民生存命脈，政府不敢依法管理、取締，地層下陷問題只有持續惡化。
地層下陷的情形有多嚴重呢？根據水利署的資料，台灣地層下陷最嚴重時面積達1600多平方公里，目前仍有1100多平方公里的土地，以每年平均下陷三公分以上的速度持續下陷中。其中雲林縣下陷的面積最大，達520平方公里，彰化縣有370平方公里、嘉義縣270平方公里，在地層下陷最嚴重的區域，平均每年下陷速度在十公分以上。也就是說，台灣西海岸的土地，正以相當於五個台北市的大小，一寸寸地淪陷中。
面對八年八百億的治水工程，台大土木系教授李鴻源指出，如果不能調整西南沿海產業結構，延緩地層下陷的趨勢，從根本面解決問題，再多的整治計畫與投資，三五年後還是一樣沉沒海底。雖然政府在近日也提出以非工程的手段解決淹水問題--包括在雲林縣規劃三百公頃的滯洪區，徵收台糖、台鹽等土地作為滯洪池，在地層下陷嚴重的聚落進行小規模遷村，然而初步規劃、配套措施等均尚未定案，能否落實尚在未定之天。
地盤下陷、土壤鹽化，是台灣土地的沉疴﹔氣候變遷、降雨異常，防災工作更加困難，是台灣環境面臨的新挑戰。在新病與舊疾的交相逼迫之下，繼續以得過且過的舊思維、短視近利的政治結構來應付環境危機，恐怕只能眼看家園淪陷，年復一年繼續泡在水中度日吧！
