到了14號晚上，莫蘭蒂在高雄港造成重大災害。停泊在港內前鎮漁港的四艘美式大型圍網漁船，因為繫纜在一起，被颱風一路由南往北吹，漂流了八公里，擱淺在西子灣北側堤防。
天色昏暗、風強雨大、海浪洶湧，使救援行動很困難。在消防隊全力搶救下，四艘船上的二十二名漁民，一人死亡，其他人安全獲救。只是，災難並沒有停止，太陽出來後，海面上一大片一大片的黑色油污，成了西子灣的惡夢。
高雄市柴山會總幹事楊娉育，一聽到消息馬上趕到現場，當時海面漂浮著油污，還沒有任何攔油索避免擴大。隔天，9月16日下午，環保署副署長詹順貴親自到場關心漏油狀況。
這四艘擱淺的遠洋漁船，分別是富冠606、707，還有順天606、永興發168。富冠707受損較輕微，沒有漏油無須抽油，其餘三艘漁船的油料，根據港務公司評估，需要抽完525公秉的柴油和75公秉的航空用油。
針對現場搶救的工作程序，台灣港務高雄分公司勞安處長張展榮解釋，優先順序是把船上殘油先抽掉，岸際也同步進行除油工作，最後會進行船體扶正、堵漏，再拖離現場，恢復西子灣面貌。
人員安全，是港務公司的第一優先，處理油污需要等海象穩定才能進行。15號下午，第一批清潔人員進駐事發現場，以吸油棉、吸油棉索和汲油器等方式，清除水面浮油。也用攔油索把漏油區域，限制在一公頃左右海面上。還好這四艘船上的油料，並非重油或原油，大部分是柴油和少量航空用油。只是事發地點是高雄市的重要景點，不只市民關心，更引來許多好奇遊客圍觀拍照。
為了盡快恢復港都門面，港務公司積極投入，一共花了350人次人力，在9月20號前清除海域、岸際、消波塊和礁石上的油污。然而，雖然海面恢復正常水色，可是水下的情況，卻讓環保團體和學者憂心忡忡。
高雄市柴山會總幹事楊娉育表示，很擔心柴山多杯孔珊瑚，因為這種台灣特有種珊瑚的模式地點，也就是第一次被發現的地方，正是這次漏油的礁石水域。而且柴山多杯孔珊瑚在今年8月1號，才由農委會預告列為一級保育類物種。
楊娉育也進一步說明，柴山多杯孔珊瑚被發現在海平面以下一到三公尺間，多沙混濁的地區，是少數生存在比較淺海地帶的珊瑚，是非常重要的生態指標。非常難能可貴的是在中山大學的門口外頭，當年竟然出現柴山多杯孔珊瑚，而且是台灣特有種，全世界只有柴山才有。
1988年，還在中山大學求學的陳昭倫，是全世界發現柴山多杯孔珊瑚的第一人。只是他沒想到，2010年3月，高雄市政府竟然在這裡，開挖礁石興建停車場，雖然後來市府變更設計，縮減停車場範圍，可是依然大大衝擊柴山多杯孔珊瑚的生存環境。
柴山多杯孔珊瑚群體不到五十個，數量稀少，棲地又在高雄發展觀光區位，除了受到人為擾動外，這次還被漏油事件波及。
在消波塊上除油，非常危險，一個不小心，很可能會掉到消波塊縫隙中。清潔人員要加速除油，又要顧及珊瑚棲地。麻煩的是，現在根本沒人知道，多杯孔珊瑚的確切位置和復原現況。對此，楊娉育抨擊高雄市政府，早在2010年就已經知道柴山多杯孔珊瑚的重要性，但拖到現在都沒有任何調查或保育動作。
西子灣是柴山西海岸最南側的海域，柴山西海岸，又是台灣西部沿海重要的生態指標。陳昭倫和鄭明修在這裡發現非常多元的生態資源。光下海一次，中研院的研究團隊，就能紀錄到許多豐富的浮游生物、孵化中的頭足類動物、多種海棉、海葵、海膽與貝類，還有海龍、獅子魚和多樣的珊瑚礁魚類。
觀光客來到西子灣，看海、看船、看夕陽，享受高雄特有港市風情。誰也沒想到，一場莫蘭蒂颱風，搞得西子灣人仰馬翻，也掀開了柴山西岸獨一無二的水下世界，更讓外界看清這片美好海域，卻無人保護的窘境。
到了9月16號，西子灣海域恢復平靜，搶救擱淺漁船與除污進度，往前跨一大步。富冠606、707船身回正，已經被拖回前鎮漁港。而順天606、永興發168，因為擱淺嚴重、船身傾倒，為避免油料污染擴大，只好就地處理，繼續抽油和除油，由於這四艘船都有變形情況，必須派潛水人員，一再下水確認油孔位置，並檢查船身是否繼續漏油。
回到前鎮漁港的富冠606，全船傷痕累累，外觀殘破不堪，船體龍骨結構被撞歪。光是眼前景象，就足以讓人想像當天深夜颱風的威力。不過，四艘船是不是應該綁在一起？繫纜的強度是否足夠？卻都是人為控制的因素。
遠洋漁船上，應該是威武的船桅，失去了原有的英姿，不只損失慘重，也重挫高雄港形象。平靜的海上，夕陽風光無限美好，雖然不見水面油污，但是傾斜的船身，卻透露著一絲詭異氣氛。
漁船擱淺漏油與珊瑚生態保育，並非兩個單獨議題。莫蘭蒂颱風不只帶來災害，也吹出台灣海域發展與管理，各行其是的老問題。
