新竹市的水源倚靠頭前溪，而由新竹市政府下水道課管理的客雅溪，則成為新竹科學園區污水排放的地點。
新竹聖經書院院長林瑞榮表示，污水排下來後，校園溝渠裡的魚和烏龜因此消失，傳出的臭味常讓經過的人感到頭暈。經過不斷地反映，科學園區從一開始的否認，到後來默認，並表示他們已盡力。
淨竹文教基金會執行長高清波認為，溪對於過往窮人家小孩的意義，第一是魚蝦等蛋白質的來源，第二是農業命脈，第三是天然游泳池。現在的客雅溪時常湧現藥水味，以往的魚蝦鱉不在，只剩下生命力強的吳郭魚。因為污染，吳郭魚的體色變得青綠，民眾不敢吃下肚，只有不知情的外勞仍在溪中戲水、捕魚。
科學園區擁有約兆元產值的高科技工業，卻無相應的環保工業，20年前的河川遭受傳統產業的汙染，現在則有高科技產業的汙染，整體對於河川整治的觀念，還是比較薄弱，新竹市長蔡仁堅為此感到無奈。
新竹科學園區所有的廢水，集中在竹科污水廠處理，每天處理出來的污水量達11萬噸。張姓工程師解釋，前處理會去除有毒物質及一般的重金屬，但是環保法規沒有列管的部份，如導電度、硫酸根離子等則無法改善。前處理好之後的水會依序到調節池、接觸氧化池、化學混凝沈澱池，然後放流。化學混凝沈澱池會有污泥產生，因為暫無合格的清運處理商，脫水後只能進行暫存。
背負著國家經濟命脈的園區，生產作業一刻都不能停歇。然而園區外的水污染、空氣污染的事件卻是層出不窮。原物料減廢，是降低事業廢棄物產生的根本之道，若執意加強廢水的處理只是徒增環保成本。這樣的問題，值得政府和產業嚴肅對待。
