「二十年後珊瑚有可能會從地球上消失。」，為什麼有上億年歷史的珊瑚會開始上演一場失蹤記呢？為了尋找珊瑚礁，繞著台灣海域進行觀察，能夠發現每個地方對珊瑚的利用以及珊瑚價值的判斷，自有一套「珊瑚理論」。
其實珊瑚就是澎湖人口中所說的「咾咕石」，澎湖人對珊瑚的利用，可說是將「珊瑚」用到最淋漓盡致的一個地方，從吃的，住的到用的，從宗教信仰到經濟來源，都與珊瑚脫不了關係，拿珊瑚蓋房子，在珊瑚淺坪討生活，曾經還有繁華一時的珊瑚漁業。
數百年澎湖人依賴珊瑚礁自給自足，但是來到現代漁業與珊瑚礁發生了衝突，澎湖的珊瑚一直以來都在混濁的海水中，在人們的踩踏下強韌的成長。因為近幾年漁業資源日漸匱乏，漁民只好回頭捕捉珊瑚礁魚類，加上餐飲市場炒作，目前，珊瑚礁區的魚類越來越來越少，而一些年輕一代的澎湖人注意到澎湖珊瑚的特質與轉變，於是開始為這片的珊瑚海域努力著。
在綠島，有一個一千兩百多歲的老微孔珊瑚，是全世界最長壽的活珊瑚，當地人給牠取了一個名字，叫做「大香菇」。但是近幾年人們卻發現，「大香菇」因為全球環境變遷，海水暖化而生病了，老珊瑚敵不過白化的危機。
然而老珊瑚悲慘的命運卻不僅如此，最可怕的是源源不絕的「觀光客」，當人們乘坐觀光潛艇近距離觀賞「香菇頭」時，不是喜歡停在「大香菇」的頭頂，就是喜歡常常衝撞牠，偶而還會將「大香菇」的整塊身體撞落海底，但好不容易等到潛水艇停駛，卻又要面對海水愈來愈髒的窘境。
如今每年會有三十萬人次的遊客，來到綠島作客，除了「到此一遊」的消費之外，我們是不是也該對這些比人還早來到綠島的「原住民」多一分尊重呢？
台灣東岸的蘭嶼達悟人，利用珊瑚礁的方式就與漢人迥然不同。對達悟人來說，大海就像是家裡的天然冰箱，也有一套合乎資源永續利用的捕魚的觀念，若到了每年捕飛魚的季節，除了集體出海作業以外，傳統的禁忌是不能再用漁槍去打魚，而如果平時要吃魚的時候，也是到海裡捉取一天的份量即夠，這樣的傳統禁忌讓蘭嶼的珊瑚礁，成為台灣海域僅存幾處還可以稱為海底花園的地方。
台灣各地流傳著各種不同的「珊瑚理論」，然而最大的相同之處，卻是這些珍貴的珊瑚日益稀少，我們應該警覺珊瑚的消失，建立保護機制，別讓大自然花了上萬年，甚至百萬年的海洋花園，在短短的時間內破壞殆盡。
